More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3435 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3435  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  418  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.478263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3445  GntR family transcriptional regulator  61.43 
 
 		 211 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0532986  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3090  GntR family transcriptional regulator  61.43 
 
 		 211 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.268358  normal  0.787214 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2052  GntR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 211 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.304694  normal  0.140706 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5808  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432179  normal  0.582432 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 255 aa  89.7  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 232 aa  87.4  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0930  transcriptional regulator, GntR family  32.52 
 
 		 213 aa  87  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.491637 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 257 aa  85.9  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 212 aa  85.5  5e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 239 aa  85.5  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  33.49 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  33.5 
 
 		 239 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  25.84 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1526  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.625253  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5600  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6375  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.405237  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6608  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0123942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0695  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3432  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 		 223 aa  78.2  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 227 aa  78.2  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 230 aa  78.2  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 225 aa  77.8  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0726  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  34.19 
 
 		 252 aa  77  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  35.77 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  33.5 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1526  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 219 aa  74.7  0.0000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000364413 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2049  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384927  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2099  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18860  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0812431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  26.07 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.83 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 275 aa  73.2  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  35.82 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 214 aa  72  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 216 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  30.86 
 
 		 218 aa  72.4  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3448  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 222 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 228 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 228 aa  72  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.64 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  25.64 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 263 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  25.64 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  25.64 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.84 
 
 		 239 aa  71.6  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3093  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 220 aa  72  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.744122 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  31.03 
 
 		 263 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>