More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5600 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5600  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 228 aa  452  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0726  GntR family transcriptional regulator  93.83 
 
 		 228 aa  424  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6608  GntR family transcriptional regulator  49.76 
 
 		 218 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0123942 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6375  GntR family transcriptional regulator  49.76 
 
 		 238 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.405237  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6206  GntR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00935659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0930  transcriptional regulator, GntR family  42.08 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.491637 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0695  GntR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 236 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5808  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432179  normal  0.582432 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 227 aa  92.4  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 232 aa  90.1  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  89.4  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 231 aa  88.6  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 222 aa  87.4  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 239 aa  86.3  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  36.04 
 
 		 225 aa  86.7  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 217 aa  86.3  4e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1479  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 256 aa  85.9  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 211 aa  85.1  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 225 aa  85.5  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 211 aa  85.1  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  32.03 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 211 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2120  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  32.74 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  34.76 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  31.98 
 
 		 239 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 251 aa  81.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  34.52 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  32.32 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  36.54 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3432  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 216 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1549  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  28.71 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 217 aa  75.5  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  31.55 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  30.3 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  30.73 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  33.79 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3435  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.478263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 211 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  31.19 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  34.83 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>