More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1033 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1033  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  693    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000187092  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1603  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 338 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4672  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 343 aa  236  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3969  GntR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 323 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1750  GntR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 322 aa  195  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.271582  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 336 aa  172  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5871  transcriptional regulator GntR family  34.9 
 
 		 332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  33.75 
 
 		 359 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3370  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 323 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130554  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2086  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 358 aa  123  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701877 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1206  transcriptional regulator, GntR family  27.16 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  25.65 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2840  transcriptional regulator, GntR family  26.32 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 254 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  26.81 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 240 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 222 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 236 aa  68.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05438  transcription regulator protein  23.3 
 
 		 311 aa  67  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.185679  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  28.83 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0066  transcriptional regulator, GntR family  24.5 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  25.35 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4588  GntR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111932  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  22.27 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3216  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0185552  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3640  transcriptional regulator, GntR family  23.7 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  28.57 
 
 		 205 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4949  GntR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0427064  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5870  transcriptional regulator, GntR family  23.7 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1408  GntR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3698  GntR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0549783 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4902  GntR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.426963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  25.94 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  26.17 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0060  transcriptional regulator, GntR family  23.93 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1235  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.724458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  38.96 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  29.61 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  25.46 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1858  GntR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  41.43 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 213 aa  57  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3026  GntR domain protein  24.79 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  29.49 
 
 		 236 aa  57  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  45.45 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4862  transcriptional regulator, GntR family  21.82 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556045  normal  0.353938 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  22.37 
 
 		 239 aa  55.5  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5188  GntR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 216 aa  55.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948488  normal  0.0144297 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 213 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  27.17 
 
 		 232 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 226 aa  55.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4258  GntR family transcriptional regulator  22.38 
 
 		 292 aa  55.8  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 240 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 229 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 238 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 228 aa  54.3  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 220 aa  53.9  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3670  transcriptional regulator, GntR family  23.11 
 
 		 236 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  26.29 
 
 		 254 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  27.23 
 
 		 218 aa  54.3  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 396 aa  54.3  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 228 aa  54.3  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  25.77 
 
 		 254 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  22.27 
 
 		 219 aa  54.3  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  28.09 
 
 		 234 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 221 aa  54.3  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>