180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4672 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4672  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 343 aa  683    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1603  GntR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 338 aa  396  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3969  GntR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 323 aa  309  5.9999999999999995e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1033  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 341 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000187092  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1750  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.271582  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5871  transcriptional regulator GntR family  41.46 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3370  GntR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  31.6 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  32.36 
 
 		 333 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2086  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701877 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4258  GntR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3432  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1206  transcriptional regulator, GntR family  24.06 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  26.9 
 
 		 297 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  50 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0447  regulatory protein GntR, HTH  38.04 
 
 		 240 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  48.33 
 
 		 236 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 260 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8675  putative transcriptional regulator, GntR family  28.4 
 
 		 157 aa  53.1  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 275 aa  51.6  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0220  regulatory protein GntR, HTH  36.96 
 
 		 240 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288237 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  26.83 
 
 		 227 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 229 aa  51.2  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 261 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 237 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2840  transcriptional regulator, GntR family  22.4 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 239 aa  50.4  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 290 aa  50.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7611  transcriptional regulator GntR family  37.11 
 
 		 250 aa  50.1  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.32 
 
 		 233 aa  50.1  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 262 aa  49.7  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  38.2 
 
 		 254 aa  49.7  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  43.75 
 
 		 245 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  43.75 
 
 		 245 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  53.33 
 
 		 225 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4702  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 248 aa  48.9  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0392151  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  25.24 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1858  GntR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 393 aa  48.1  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5379  transcriptional regulator, GntR family  36.46 
 
 		 252 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 243 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 214 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 232 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0046  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 244 aa  48.5  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 229 aa  48.5  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 236 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0096  histidine utilization repressor  28.97 
 
 		 235 aa  47.8  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 236 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 257 aa  47.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 231 aa  47.8  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 239 aa  47.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 249 aa  47.4  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 226 aa  47.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1076  GntR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 151 aa  47.8  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0019673 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 226 aa  47.8  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 230 aa  47.4  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  33.33 
 
 		 239 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 229 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  33.33 
 
 		 239 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2521  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 217 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215093  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2566  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 217 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.520739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  33.33 
 
 		 239 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  33.33 
 
 		 239 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2558  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 217 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.229482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 229 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3224  GntR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 292 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  33.33 
 
 		 239 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 229 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  32.29 
 
 		 243 aa  46.6  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  28.57 
 
 		 234 aa  46.6  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0101  histidine utilization repressor  26.9 
 
 		 235 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2489  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 248 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2332  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 248 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2381  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 248 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.770781 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2288  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 248 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.545924  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2377  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 248 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3308  transcriptional regulator, GntR family  32.88 
 
 		 248 aa  46.2  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 257 aa  46.2  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  27.34 
 
 		 241 aa  46.2  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  42.86 
 
 		 236 aa  46.2  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1958  GntR domain protein  29.67 
 
 		 340 aa  46.2  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 243 aa  46.2  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1556  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 248 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.868549  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3640  transcriptional regulator, GntR family  26.22 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 228 aa  45.8  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0093  histidine utilization repressor  28.28 
 
 		 235 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1138  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 248 aa  45.8  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.252402  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0099  histidine utilization repressor  28.28 
 
 		 235 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3079  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 248 aa  45.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.104176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0611  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 242 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.600848  normal  0.0221334 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 226 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0964  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 248 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2237  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 248 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2388  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 248 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>