More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3224 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3224  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  594  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0156  transcriptional regulator, GntR family  68.84 
 
 		 299 aa  408  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.110293  normal  0.0240706 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0161  transcriptional regulator, GntR family  68.15 
 
 		 299 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0172  GntR family transcriptional regulator  51.37 
 
 		 311 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.75763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0491  transcriptional regulator, GntR family  50.68 
 
 		 294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0328606  normal  0.0298218 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0285  GntR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1607  GntR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170501  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0261  GntR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2161  GntR domain-containing protein  40.96 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1408  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4902  GntR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.426963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4949  GntR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0427064  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5870  transcriptional regulator, GntR family  31.99 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3698  GntR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  178  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0549783 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3640  transcriptional regulator, GntR family  31.99 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4588  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111932  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0066  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0060  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3171  regulatory protein GntR, HTH  41.58 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  27.1 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 290 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  25.59 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  27.81 
 
 		 239 aa  67  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 217 aa  66.6  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  30.93 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 261 aa  65.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  26.43 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 219 aa  65.1  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  28.9 
 
 		 239 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2210  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  25.89 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  29.28 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0240  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 231 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 223 aa  61.6  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  27.49 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 238 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  24.88 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  28.36 
 
 		 219 aa  58.9  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 211 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 233 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  25.58 
 
 		 226 aa  58.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 211 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 232 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  27.44 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  25.37 
 
 		 250 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  25.43 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0360  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.200246  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31340  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  25.91 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 254 aa  57  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  28.64 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  24.54 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  24.12 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 396 aa  56.2  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  24.12 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  25.58 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  27.09 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0726  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  24.41 
 
 		 228 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22960  transcriptional regulator  24.65 
 
 		 235 aa  55.1  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.483405  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 230 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  25.25 
 
 		 214 aa  55.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  27.32 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>