More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4940 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  100 
 
 		 254 aa  521  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4702  GntR family transcriptional regulator  77.69 
 
 		 248 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0392151  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4698  GntR family transcriptional regulator  72.8 
 
 		 253 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  63.25 
 
 		 261 aa  319  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  45.54 
 
 		 248 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 248 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  44.49 
 
 		 248 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  44.2 
 
 		 248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  43.61 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0358  histidine utilization repressor  41.67 
 
 		 249 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.824022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  43.61 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  42.73 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4559  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  43.48 
 
 		 253 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2647  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  41.96 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  41.85 
 
 		 273 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  41.67 
 
 		 247 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1262  GntR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3722  histidine utilization repressor  42.86 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3799  histidine utilization repressor  42.86 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816062 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4641  histidine utilization repressor  42.86 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  41 
 
 		 255 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3606  histidine utilization repressor  42.41 
 
 		 231 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2386  histidine utilization repressor  42.41 
 
 		 231 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5462  histidine utilization repressor  42.41 
 
 		 231 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  42.31 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0081  histidine utilization repressor  44.39 
 
 		 234 aa  185  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5005  histidine utilization repressor  41.96 
 
 		 231 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2795  histidine utilization repressor  41.52 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1680  histidine utilization repressor  41.96 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  40.52 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0505  histidine utilization repressor  41.56 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2920  histidine utilization repressor  41.96 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0646  histidine utilization repressor  41.52 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2666  histidine utilization repressor  41.52 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154672  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2722  histidine utilization repressor  41.52 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2365  histidine utilization repressor  41.52 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.366137  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0825  histidine utilization repressor  40 
 
 		 241 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0916  histidine utilization repressor  40 
 
 		 241 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2946  histidine utilization repressor  41.59 
 
 		 231 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0884  histidine utilization repressor  40 
 
 		 241 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0939  histidine utilization repressor  40 
 
 		 241 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.997369  normal  0.595643 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0853  histidine utilization repressor  40 
 
 		 241 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6916  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  39.83 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5923  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  39.83 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.113874 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3583  GntR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2078  histidine utilization repressor  38.16 
 
 		 251 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1813  histidine utilization repressor  40.35 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.167757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1531  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  41.59 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.250236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2511  histidine utilization repressor  39.56 
 
 		 255 aa  176  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0551986 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2112  histidine utilization repressor  39.56 
 
 		 255 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2188  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5906  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2171  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.39027  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5481  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  175  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2221  histidine utilization repressor  39.56 
 
 		 255 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1821  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  175  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2087  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2210  histidine utilization repressor  40.18 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0099  histidine utilization repressor  43.11 
 
 		 235 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1750  GntR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0970545  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0098  histidine utilization repressor  42.67 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0093  histidine utilization repressor  43.11 
 
 		 235 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2581  GntR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0096  histidine utilization repressor  42.67 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  38.36 
 
 		 245 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3954  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  41.13 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4448  histidine utilization repressor  41.07 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1033  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family protein  34.8 
 
 		 234 aa  169  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0910  histidine utilization repressor  39.15 
 
 		 245 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 269 aa  168  6e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3229  histidine utilization repressor  39.74 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259882 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5105  histidine utilization repressor  41.07 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0431147  hitchhiker  0.00830494 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003719  histidine utilization repressor  37.28 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.746481  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  38.72 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  39.56 
 
 		 262 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6592  histidine utilization repressor  42.04 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174698  normal  0.101362 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6110  histidine utilization repressor  42.04 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5746  histidine utilization repressor  42.04 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5835  histidine utilization repressor  41.78 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.926396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0082  histidine utilization repressor  40.89 
 
 		 235 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02076  hypothetical protein  36.84 
 
 		 235 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0721  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  40.99 
 
 		 237 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274282  normal  0.4322 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4612  histidine utilization repressor  38.89 
 
 		 245 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980762  hitchhiker  0.00350601 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4895  histidine utilization repressor  38.46 
 
 		 245 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5618  histidine utilization repressor  41.78 
 
 		 251 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.214724 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1824  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126933  normal  0.484103 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1294  histidine utilization repressor  40.97 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3644  histidine utilization repressor  37.07 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1823  histidine utilization repressor  41.67 
 
 		 267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325999  normal  0.489419 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4839  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  42.22 
 
 		 253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.187571 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5106  histidine utilization repressor  42.22 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0814369  hitchhiker  0.00493265 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3758  histidine utilization repressor  41.78 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  41.67 
 
 		 234 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5616  histidine utilization repressor  38.46 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321981  normal  0.0803951 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5243  histidine utilization repressor  38.46 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0078  histidine utilization repressor  40.79 
 
 		 235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5445  histidine utilization repressor  38.03 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0118538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>