More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4293 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4293  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4492  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  28.35 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 218 aa  81.6  0.000000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  29.65 
 
 		 218 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0110  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 234 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31590  transcriptional regulator, GntR family  34.69 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4366  transcriptional regulator, GntR family  38.24 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  72.4  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  33.1 
 
 		 221 aa  72  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 		 229 aa  72  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 221 aa  72  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  25.99 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.07 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  32.62 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  32.53 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.07 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  28.9 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 341 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  39.06 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 		 233 aa  68.2  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  26.44 
 
 		 226 aa  68.2  0.00000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  39.06 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1449  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 220 aa  67.8  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.62 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.38 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.38 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.38 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  34.07 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.38 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.38 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0790  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  25.42 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0200  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 		 246 aa  65.5  0.0000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 266 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 250 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 250 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  26.64 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  28.22 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3621  transcriptional regulator, GntR family  33.02 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 254 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  25.63 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2521  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.215093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2566  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.520739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  26.51 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2558  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.229482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  25.79 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  35.62 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>