More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0392 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.62 
 
 		 1407 aa  783    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  48.62 
 
 		 1407 aa  783    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.22 
 
 		 1396 aa  779    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0604  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.14 
 
 		 1295 aa  1108    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0448  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.78 
 
 		 1399 aa  803    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.55 
 
 		 1207 aa  1078    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.82 
 
 		 1400 aa  795    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3033  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.37 
 
 		 1409 aa  775    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188142  hitchhiker  0.00329895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.94 
 
 		 1203 aa  1105    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.89 
 
 		 1406 aa  793    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.37 
 
 		 1216 aa  1025    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1242  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.4 
 
 		 1400 aa  765    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.72 
 
 		 1405 aa  776    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.27 
 
 		 1399 aa  796    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.08 
 
 		 1203 aa  1107    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.94 
 
 		 1203 aa  1104    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl597  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  43.88 
 
 		 1254 aa  1035    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.94 
 
 		 1203 aa  1104    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2640  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.36 
 
 		 1412 aa  770    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0388  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.83 
 
 		 1401 aa  815    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0363  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.94 
 
 		 1401 aa  816    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4554  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.27 
 
 		 1399 aa  796    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0397479 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1886  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.58 
 
 		 1406 aa  772    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.315745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.22 
 
 		 1403 aa  793    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267546  hitchhiker  0.00189389 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2653  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.54 
 
 		 1291 aa  1559    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.229065  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.14 
 
 		 1415 aa  774    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0399  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.4 
 
 		 1398 aa  780    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.589703  normal  0.0776208 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1351  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.43 
 
 		 1399 aa  779    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.221368 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3785  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.36 
 
 		 1412 aa  770    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2330  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.62 
 
 		 1403 aa  813    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000376079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5085  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.11 
 
 		 1399 aa  793    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.45 
 
 		 1415 aa  775    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0695  RNA polymerase, beta prime subunit  52.99 
 
 		 1396 aa  793    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3440  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.24 
 
 		 1414 aa  768    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.19828  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1961  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.68 
 
 		 1498 aa  786    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.98666 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0358  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.05 
 
 		 1502 aa  780    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0620  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  51.85 
 
 		 1392 aa  822    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.7637000000000004e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2998  DNA-directed RNA polymerase., acetylornithine deacetylase  51.46 
 
 		 1386 aa  801    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0289  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.21 
 
 		 1408 aa  776    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000201644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.08 
 
 		 1194 aa  1107    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.89 
 
 		 1408 aa  790    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0071  DNA-directed RNA polymerase beta' subunit  43.02 
 
 		 1255 aa  1018    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2694  DNA-directed RNA polymerase  50.86 
 
 		 1393 aa  780    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.85 
 
 		 1164 aa  1128    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3075  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.49 
 
 		 1412 aa  772    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1593  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  50.11 
 
 		 1394 aa  790    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0574  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.12 
 
 		 1295 aa  1546    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2286  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.9 
 
 		 1400 aa  781    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.604145 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0023  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.45 
 
 		 1427 aa  776    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269767  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0569  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.01 
 
 		 1404 aa  770    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.870967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3591  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.61 
 
 		 1405 aa  777    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.151123  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3457  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.33 
 
 		 1401 aa  764    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.416565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0273  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.17 
 
 		 1409 aa  803    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0012908  unclonable  0.000000465088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4441  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.16 
 
 		 1408 aa  780    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.317154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0307  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.36 
 
 		 1412 aa  773    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0164  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.97 
 
 		 1410 aa  768    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.9 
 
 		 1400 aa  779    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0226545  normal  0.686552 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.49 
 
 		 1405 aa  780    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0443299  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1532  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.11 
 
 		 1399 aa  775    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2176  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.61 
 
 		 1399 aa  770    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.120941 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3333  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.03 
 
 		 1413 aa  772    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.762028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0503  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.82 
 
 		 1408 aa  785    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.630998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  51.74 
 
 		 1445 aa  848    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0635  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  51.59 
 
 		 1537 aa  966    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0235  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.32 
 
 		 1410 aa  774    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0585906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1485  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.68 
 
 		 1427 aa  798    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.614048  normal  0.379046 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2766  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.49 
 
 		 1413 aa  773    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.94 
 
 		 1315 aa  1485    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56 
 
 		 1295 aa  1351    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0599  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.48 
 
 		 1395 aa  789    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.275775  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3168  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.05 
 
 		 1438 aa  782    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.694613 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.24 
 
 		 1178 aa  1099    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.24 
 
 		 1178 aa  1099    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1564  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.6 
 
 		 1420 aa  781    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.98 
 
 		 1405 aa  776    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.508945  hitchhiker  0.0000984081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.98 
 
 		 1405 aa  776    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0790536  decreased coverage  0.000914175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.39 
 
 		 1426 aa  807    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.19 
 
 		 1181 aa  1109    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1801  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.57 
 
 		 1405 aa  778    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.669394  normal  0.126804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0260  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.61 
 
 		 1413 aa  774    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08780  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.09 
 
 		 1399 aa  796    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0182127 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.81 
 
 		 1207 aa  1014    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1374  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.45 
 
 		 1233 aa  1016    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.13 
 
 		 1223 aa  1004    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1824  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.33 
 
 		 1220 aa  975    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1844  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.38 
 
 		 1212 aa  1013    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2983  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.84 
 
 		 1299 aa  1482    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0341  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  51.49 
 
 		 1413 aa  773    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1550  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  49.33 
 
 		 1351 aa  795    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  49.71 
 
 		 1412 aa  802    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  53.11 
 
 		 1405 aa  776    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.314811  hitchhiker  0.00000822489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.15 
 
 		 1304 aa  1580    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801112 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0674  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  49.78 
 
 		 1409 aa  818    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0573556  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.49 
 
 		 1492 aa  774    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.88 
 
 		 1402 aa  773    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0676703 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.36 
 
 		 1290 aa  1529    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  52.54 
 
 		 1404 aa  776    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106515  hitchhiker  0.000290972 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0988  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.94 
 
 		 1315 aa  1485    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.077101  normal  0.709558 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1258  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.01 
 
 		 1317 aa  1487    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.10767  normal  0.486258 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0713  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.36 
 
 		 1404 aa  794    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>