More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3047 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  585  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  76.29 
 
 		 305 aa  441  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  65.64 
 
 		 305 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 290 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  44.64 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 289 aa  229  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 291 aa  219  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 295 aa  218  7e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 296 aa  205  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 284 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 288 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 		 291 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  37.55 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.19 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  36.02 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  36.44 
 
 		 294 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 287 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 386 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.44 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  36.14 
 
 		 343 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 290 aa  102  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  26.35 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  27.08 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2390  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.11 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.11 
 
 		 290 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.11 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  30.2 
 
 		 326 aa  96.7  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.67 
 
 		 305 aa  96.3  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>