More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0624 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  100 
 
 		 158 aa  327  3e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  80.89 
 
 		 319 aa  278  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  81.53 
 
 		 319 aa  275  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  72.61 
 
 		 315 aa  252  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.82 
 
 		 311 aa  230  6e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 309 aa  229  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.61 
 
 		 331 aa  228  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.61 
 
 		 312 aa  228  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 315 aa  228  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.61 
 
 		 312 aa  228  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 315 aa  228  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.61 
 
 		 331 aa  228  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 315 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  66.88 
 
 		 315 aa  228  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  66.88 
 
 		 315 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 315 aa  228  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  67.52 
 
 		 310 aa  227  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 316 aa  227  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 315 aa  228  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.88 
 
 		 310 aa  227  5e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  64.97 
 
 		 312 aa  226  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  66.24 
 
 		 320 aa  225  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  64.97 
 
 		 310 aa  224  4e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  64.97 
 
 		 315 aa  221  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  64.97 
 
 		 314 aa  221  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  64.97 
 
 		 314 aa  221  3e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  64.97 
 
 		 312 aa  221  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  66.05 
 
 		 312 aa  219  9e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  65.61 
 
 		 322 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  63.69 
 
 		 309 aa  217  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  69.86 
 
 		 314 aa  216  7e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  63.58 
 
 		 319 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  61.78 
 
 		 308 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  63.69 
 
 		 309 aa  213  9.999999999999999e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  66.44 
 
 		 310 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  68.49 
 
 		 315 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  68.49 
 
 		 315 aa  210  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  65.61 
 
 		 315 aa  210  7e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  67.81 
 
 		 315 aa  207  4e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  66.44 
 
 		 317 aa  206  9e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  63.69 
 
 		 317 aa  205  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  63.69 
 
 		 317 aa  205  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  63.69 
 
 		 315 aa  204  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  63.69 
 
 		 317 aa  204  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  60.25 
 
 		 310 aa  201  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  65.07 
 
 		 319 aa  197  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  60.26 
 
 		 342 aa  188  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  55.7 
 
 		 323 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  55.06 
 
 		 323 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  55.06 
 
 		 323 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  55.06 
 
 		 323 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  55.41 
 
 		 314 aa  185  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  58.44 
 
 		 323 aa  184  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  55.77 
 
 		 318 aa  183  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  52.53 
 
 		 319 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  54.78 
 
 		 326 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  52.53 
 
 		 319 aa  180  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  55.13 
 
 		 344 aa  179  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  57.89 
 
 		 335 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  54.37 
 
 		 323 aa  177  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  53.8 
 
 		 319 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  53.75 
 
 		 350 aa  175  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  51.27 
 
 		 317 aa  174  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  53.5 
 
 		 324 aa  174  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  52.87 
 
 		 326 aa  173  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  51.88 
 
 		 319 aa  172  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  53.5 
 
 		 340 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  53.46 
 
 		 340 aa  172  9.999999999999999e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  57.96 
 
 		 326 aa  173  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  50.63 
 
 		 321 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  54.3 
 
 		 318 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  57.96 
 
 		 329 aa  171  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  51.27 
 
 		 318 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  58.71 
 
 		 338 aa  167  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  52.74 
 
 		 325 aa  167  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  56.33 
 
 		 336 aa  165  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  51.59 
 
 		 340 aa  163  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  54 
 
 		 339 aa  161  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  53.69 
 
 		 318 aa  155  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  47.71 
 
 		 335 aa  152  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  53.74 
 
 		 340 aa  150  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  36.05 
 
 		 330 aa  87  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.05 
 
 		 330 aa  87  9e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  39.73 
 
 		 332 aa  85.9  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  37.91 
 
 		 319 aa  85.5  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.42 
 
 		 328 aa  85.1  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.5 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  34.48 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.06 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  34.97 
 
 		 352 aa  82.4  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.49 
 
 		 323 aa  82  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  35.17 
 
 		 353 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  33.33 
 
 		 341 aa  82  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  33.33 
 
 		 341 aa  81.3  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.97 
 
 		 337 aa  81.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  34.27 
 
 		 356 aa  80.9  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.66 
 
 		 357 aa  80.9  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.57 
 
 		 381 aa  80.5  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  35.17 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>