More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1378 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 481 aa  992    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  84.34 
 
 		 490 aa  842    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  74.58 
 
 		 489 aa  727    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  75.79 
 
 		 478 aa  766    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  73.53 
 
 		 490 aa  738    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  57.41 
 
 		 495 aa  589  1e-167  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  57.44 
 
 		 504 aa  581  1.0000000000000001e-165  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  56.45 
 
 		 488 aa  552  1e-156  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  56.48 
 
 		 503 aa  546  1e-154  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  55.74 
 
 		 504 aa  538  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  52.38 
 
 		 505 aa  512  1e-144  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  51.39 
 
 		 488 aa  498  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  52.65 
 
 		 489 aa  501  1e-140  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  49.69 
 
 		 488 aa  493  9.999999999999999e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  50.31 
 
 		 513 aa  483  1e-135  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0387  transcriptional regulator, XRE family  51.67 
 
 		 486 aa  472  1e-132  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.612976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  26.21 
 
 		 483 aa  90.9  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  26.93 
 
 		 475 aa  90.9  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 464 aa  86.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  28.24 
 
 		 469 aa  85.5  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  26 
 
 		 468 aa  84.7  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 488 aa  83.2  0.000000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  25.33 
 
 		 480 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 483 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 480 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  24.22 
 
 		 480 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  25.32 
 
 		 472 aa  78.2  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 477 aa  76.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  26.8 
 
 		 476 aa  76.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 481 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  27.75 
 
 		 467 aa  76.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  25.88 
 
 		 477 aa  75.5  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  25.38 
 
 		 477 aa  75.1  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 476 aa  74.7  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  24.18 
 
 		 475 aa  73.2  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 470 aa  72.8  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 482 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  23.91 
 
 		 470 aa  72  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 483 aa  70.5  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  25.81 
 
 		 474 aa  70.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 461 aa  66.6  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  23.87 
 
 		 461 aa  66.6  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  23.87 
 
 		 461 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  22.99 
 
 		 466 aa  65.1  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  23.71 
 
 		 484 aa  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  23.16 
 
 		 464 aa  63.9  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 469 aa  62  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  21.94 
 
 		 463 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 491 aa  62  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2560  XRE family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 510 aa  62  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  24.89 
 
 		 464 aa  61.6  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  24.68 
 
 		 481 aa  61.2  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  25.53 
 
 		 472 aa  61.2  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  23.78 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 470 aa  60.1  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 506 aa  60.1  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  23.15 
 
 		 486 aa  60.1  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 470 aa  59.7  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 470 aa  59.7  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  25 
 
 		 474 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  24.24 
 
 		 475 aa  59.7  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  24.87 
 
 		 472 aa  58.9  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  24.51 
 
 		 483 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  21.98 
 
 		 475 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  37.5 
 
 		 114 aa  57.4  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  37.5 
 
 		 114 aa  57.4  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0405  putative HTH-type transcriptional regulator  22.5 
 
 		 504 aa  57.4  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0652706  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  25.75 
 
 		 496 aa  57  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3903  transcriptional regulator, XRE family protein  21.87 
 
 		 511 aa  57  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0218  transciptional regulator  22.06 
 
 		 508 aa  55.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  30.06 
 
 		 505 aa  56.2  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0281  hypothetical protein  24.21 
 
 		 505 aa  56.2  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.985205  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 474 aa  55.5  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 		 195 aa  55.5  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  42.19 
 
 		 200 aa  55.8  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 		 201 aa  55.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  22.32 
 
 		 490 aa  54.7  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 196 aa  54.7  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 475 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 474 aa  54.3  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  22.22 
 
 		 475 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  21.49 
 
 		 482 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 		 117 aa  54.3  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3866  XRE family transcriptional regulator  21.41 
 
 		 509 aa  54.3  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 		 192 aa  53.5  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 491 aa  53.5  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  38.36 
 
 		 208 aa  53.1  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  22.01 
 
 		 475 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  47.76 
 
 		 194 aa  53.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 491 aa  53.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4434  XRE family transcriptional regulator  20.92 
 
 		 509 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  35 
 
 		 114 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1434  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 433 aa  52.4  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.673914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 510 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 510 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4294  XRE family transcriptional regulator  21.41 
 
 		 510 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 		 200 aa  52.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>