More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_2938 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.75 
 
 		 1407 aa  726    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  59.75 
 
 		 1407 aa  725    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.82 
 
 		 1396 aa  674    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0604  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  51.11 
 
 		 1295 aa  654    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0448  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.64 
 
 		 1399 aa  707    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362 
 
 
-
 
NC_002950  PG0395  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.79 
 
 		 1433 aa  677    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2420  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.85 
 
 		 1424 aa  661    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00279093  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.96 
 
 		 1207 aa  723    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.2 
 
 		 1400 aa  716    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1314  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  56.65 
 
 		 1508 aa  667    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.192616  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3033  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.9 
 
 		 1409 aa  719    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188142  hitchhiker  0.00329895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  65.2 
 
 		 1203 aa  751    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.93 
 
 		 1406 aa  717    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0529  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  55.85 
 
 		 1517 aa  653    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.82 
 
 		 1216 aa  718    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1242  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.98 
 
 		 1400 aa  714    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.11 
 
 		 1405 aa  719    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  60.18 
 
 		 1399 aa  706    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  65.15 
 
 		 1203 aa  752    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  65.2 
 
 		 1203 aa  751    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  59.57 
 
 		 1412 aa  711    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  65.2 
 
 		 1203 aa  751    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2640  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.14 
 
 		 1412 aa  713    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0388  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.1 
 
 		 1401 aa  708    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0363  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.1 
 
 		 1401 aa  708    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4554  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.18 
 
 		 1399 aa  706    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0397479 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1886  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.73 
 
 		 1406 aa  681    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.315745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.51 
 
 		 1403 aa  729    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267546  hitchhiker  0.00189389 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1550  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  59.18 
 
 		 1351 aa  711    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1015  DNA-directed RNA polymerase subunit gamma  71.09 
 
 		 635 aa  942    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0443179  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.05 
 
 		 1415 aa  721    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1015  DNA-directed RNA polymerase subuint gamma  76.88 
 
 		 625 aa  1012    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0399  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.76 
 
 		 1398 aa  713    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.589703  normal  0.0776208 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1351  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.45 
 
 		 1399 aa  697    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.221368 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4208  DNA-directed RNA polymerase subunit gamma  76.64 
 
 		 625 aa  1039    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3785  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.14 
 
 		 1412 aa  713    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2330  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.53 
 
 		 1403 aa  731    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000376079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5085  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60 
 
 		 1399 aa  706    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.93 
 
 		 1415 aa  734    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0695  RNA polymerase, beta prime subunit  59.89 
 
 		 1396 aa  710    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3440  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.47 
 
 		 1414 aa  717    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.19828  normal  0.408327 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1961  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  55.67 
 
 		 1498 aa  669    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.98666 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit gamma  71.68 
 
 		 634 aa  956    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0358  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  54.08 
 
 		 1502 aa  660    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2066  DNA-directed RNA polymerase subunit gamma  70.94 
 
 		 634 aa  953    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.898205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0620  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  59.55 
 
 		 1392 aa  727    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.7637000000000004e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2998  DNA-directed RNA polymerase., acetylornithine deacetylase  59.75 
 
 		 1386 aa  699    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0289  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.32 
 
 		 1408 aa  720    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000201644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  65.14 
 
 		 1194 aa  746    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0354  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  55.72 
 
 		 1503 aa  651    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1577  DNA-directed RNA polymerase subunit gamma  71.32 
 
 		 634 aa  954    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1523  DNA-directed RNA polymerase subunit gamma  74.48 
 
 		 624 aa  1005    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00969587 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.79 
 
 		 1408 aa  715    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.29 
 
 		 1405 aa  718    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.314811  hitchhiker  0.00000822489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2694  DNA-directed RNA polymerase  60.9 
 
 		 1393 aa  705    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  63.88 
 
 		 1164 aa  752    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3075  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.14 
 
 		 1412 aa  714    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1593  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  59.86 
 
 		 1394 aa  714    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2286  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.64 
 
 		 1400 aa  712    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.604145 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0023  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  63.06 
 
 		 1427 aa  732    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269767  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0677  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  57.56 
 
 		 1375 aa  658    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.347752  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0674  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  57.28 
 
 		 1409 aa  705    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0573556  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0569  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.57 
 
 		 1404 aa  735    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.870967 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3591  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.86 
 
 		 1405 aa  694    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.151123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0925  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.95 
 
 		 1410 aa  701    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.15771  hitchhiker  0.00023271 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3457  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.09 
 
 		 1401 aa  702    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.416565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0273  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.65 
 
 		 1409 aa  737    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0012908  unclonable  0.000000465088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4441  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.97 
 
 		 1408 aa  704    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.317154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0307  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.93 
 
 		 1412 aa  712    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0164  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.22 
 
 		 1410 aa  715    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.64 
 
 		 1400 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0226545  normal  0.686552 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0415  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.64 
 
 		 1405 aa  682    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0443299  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1532  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.45 
 
 		 1399 aa  699    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2176  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  57.73 
 
 		 1399 aa  681    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.120941 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3333  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.9 
 
 		 1413 aa  720    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.762028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0503  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.94 
 
 		 1408 aa  724    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.630998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  57.96 
 
 		 1445 aa  714    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0235  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.34 
 
 		 1410 aa  739    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0585906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1485  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  63.6 
 
 		 1427 aa  739    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.614048  normal  0.379046 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2766  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.64 
 
 		 1413 aa  721    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0341  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.64 
 
 		 1413 aa  721    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0599  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.65 
 
 		 1395 aa  726    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.275775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1818  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.91 
 
 		 1399 aa  707    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3168  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  56.02 
 
 		 1438 aa  667    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.694613 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.32 
 
 		 1178 aa  775    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.32 
 
 		 1178 aa  775    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1564  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.4 
 
 		 1420 aa  743    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2938  DNA-directed RNA polymerase subunit gamma  100 
 
 		 672 aa  1378    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.942485 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.29 
 
 		 1405 aa  718    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.508945  hitchhiker  0.0000984081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.29 
 
 		 1405 aa  718    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0790536  decreased coverage  0.000914175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  62.21 
 
 		 1426 aa  723    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0142  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.71 
 
 		 1408 aa  713    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0021761  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.66 
 
 		 1181 aa  751    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1801  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.41 
 
 		 1405 aa  735    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.669394  normal  0.126804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0260  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  58.47 
 
 		 1413 aa  718    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08780  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  59.96 
 
 		 1399 aa  716    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0182127 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.18 
 
 		 1207 aa  688    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1374  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.84 
 
 		 1233 aa  718    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  60.51 
 
 		 1223 aa  704    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1824  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  61.01 
 
 		 1220 aa  714    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>