108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1292 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1292  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
162 aa  329  8e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.63 
 
 
159 aa  87.8  6e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1527  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.62 
 
 
167 aa  72.8  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000128576  hitchhiker  0.00383137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
224 aa  63.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.57 
 
 
222 aa  63.2  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1127  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.85 
 
 
163 aa  59.7  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.871772  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.17 
 
 
222 aa  57.4  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1978  cyclic nucleotide-binding protein  25.71 
 
 
164 aa  56.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.569361  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2344  cyclic nucleotide-binding domain protein  25.71 
 
 
164 aa  56.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  26.67 
 
 
747 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 
238 aa  55.1  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
223 aa  54.3  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.26 
 
 
225 aa  53.9  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  33.68 
 
 
312 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 
238 aa  53.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  30.65 
 
 
167 aa  52  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.74 
 
 
229 aa  52.4  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2686  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.63 
 
 
161 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.640376  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  25.55 
 
 
570 aa  51.2  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0173  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.59 
 
 
211 aa  51.2  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.106244  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.42 
 
 
225 aa  50.8  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0798  transcription regulator  31.25 
 
 
213 aa  50.4  0.000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892201  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.21 
 
 
219 aa  50.1  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  20.55 
 
 
225 aa  50.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.43 
 
 
225 aa  49.7  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1786  cyclic nucleotide-binding protein  25.16 
 
 
462 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355982 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  33.03 
 
 
167 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.89 
 
 
226 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
230 aa  48.9  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  24.49 
 
 
286 aa  47.4  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.63 
 
 
229 aa  47.4  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
226 aa  47.4  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  24.78 
 
 
160 aa  47  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.21 
 
 
227 aa  47  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.26 
 
 
239 aa  47  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.12 
 
 
219 aa  47  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  22.55 
 
 
219 aa  45.8  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0750  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
238 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
226 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  24.06 
 
 
226 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.84 
 
 
238 aa  46.2  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
229 aa  46.2  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.66 
 
 
236 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  24.34 
 
 
563 aa  46.2  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0233  cyclic nucleotide-binding protein  25.95 
 
 
592 aa  45.8  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000891781  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
227 aa  45.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0635  putative sulfate permease with cyclic nucleotide-binding domain  26.14 
 
 
733 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0466798  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.44 
 
 
228 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1182  cyclic nucleotide-binding protein  28.39 
 
 
157 aa  45.4  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  0.0489363 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0179  cyclic nucleotide-binding protein  22.22 
 
 
155 aa  45.4  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.84 
 
 
226 aa  44.7  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 
495 aa  44.7  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  22.73 
 
 
407 aa  44.3  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 
505 aa  44.3  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.62 
 
 
229 aa  44.3  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  27.78 
 
 
419 aa  44.3  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.77 
 
 
226 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3904  cyclic nucleotide-binding:Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS:xanthine/uracil/vitamin C permease:sulphate transporter  23.53 
 
 
736 aa  43.9  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.39 
 
 
231 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.1 
 
 
168 aa  43.5  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.95 
 
 
230 aa  43.9  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.18 
 
 
226 aa  43.5  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.68 
 
 
160 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
223 aa  43.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0174  cyclic nucleotide-binding protein  25.93 
 
 
456 aa  43.5  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000271627  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0845  diguanylate cyclase  25.56 
 
 
318 aa  43.9  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 
227 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2437  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  26.11 
 
 
179 aa  43.1  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.9 
 
 
248 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
233 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2874  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
228 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191735 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3539  cyclic nucleotide-binding protein  22.32 
 
 
857 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0290793  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.95 
 
 
237 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0691  cyclic nucleotide-binding protein  25.64 
 
 
212 aa  42.7  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.31 
 
 
230 aa  43.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  22.66 
 
 
413 aa  42.4  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.44 
 
 
228 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0306  cyclic nucleotide-binding protein  22.32 
 
 
166 aa  42.4  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  22.56 
 
 
224 aa  41.6  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.93 
 
 
234 aa  41.6  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 
230 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.216294  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2139  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 
230 aa  42  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.16 
 
 
231 aa  42  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0689  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  24.37 
 
 
200 aa  41.6  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00630  thioredoxin reductase  23.14 
 
 
570 aa  42  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.95 
 
 
227 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.93 
 
 
228 aa  41.6  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  25.42 
 
 
246 aa  41.6  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.23 
 
 
222 aa  41.6  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0710  cyclic nucleotide-binding protein  25.77 
 
 
221 aa  41.6  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000071434  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.41 
 
 
229 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  25.64 
 
 
226 aa  41.2  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1130  cyclic nucleotide-binding protein  20.29 
 
 
276 aa  41.2  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000651756  unclonable  0.00000750922 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 
230 aa  41.2  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  23.81 
 
 
164 aa  41.2  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.6 
 
 
251 aa  41.2  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1753  cyclic nucleotide-binding protein  23.78 
 
 
357 aa  41.2  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  20.41 
 
 
144 aa  40.8  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.7 
 
 
225 aa  40.8  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3155  cyclic nucleotide-binding protein  24.73 
 
 
599 aa  40.8  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.703642 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>