142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0173 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0173  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
211 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.106244  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0116  cyclic nucleotide-binding protein  59.64 
 
 
194 aa  187  7e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.143738 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1866  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.82 
 
 
182 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0452  cAMP-binding protein  34.07 
 
 
160 aa  73.9  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000045265  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1780  cyclic nucleotide-binding protein  34.59 
 
 
156 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.489231  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1926  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.58 
 
 
168 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  34.13 
 
 
144 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 
158 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0234  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.77 
 
 
186 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
226 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.13 
 
 
226 aa  56.6  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3891  cyclic nucleotide-binding protein  29.37 
 
 
155 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.59 
 
 
231 aa  57  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 
157 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.43 
 
 
251 aa  55.5  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  30.52 
 
 
226 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.34 
 
 
226 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  29.1 
 
 
747 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  29.75 
 
 
413 aa  53.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
228 aa  52.8  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.82 
 
 
219 aa  52.8  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  31.36 
 
 
151 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.04 
 
 
225 aa  52.4  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1461  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.1 
 
 
159 aa  52.4  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  28.26 
 
 
169 aa  52  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
225 aa  52  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
227 aa  51.6  0.000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.08 
 
 
224 aa  51.6  0.000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.5 
 
 
225 aa  51.6  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  22.39 
 
 
322 aa  51.2  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1292  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.59 
 
 
162 aa  51.2  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  31.39 
 
 
211 aa  50.4  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  30.51 
 
 
148 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3582  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.48 
 
 
554 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0031716  normal  0.0272444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  30.47 
 
 
214 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0296  cyclic nucleotide-binding protein  28.36 
 
 
624 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.339618 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.09 
 
 
223 aa  50.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.27 
 
 
220 aa  49.7  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.4 
 
 
228 aa  49.7  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5111  cAMP-regulatory protein  31.4 
 
 
214 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0236  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.48 
 
 
179 aa  49.7  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.754806 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  29.85 
 
 
217 aa  49.7  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3761  cAMP-binding domain-containing protein  28.99 
 
 
202 aa  50.1  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.074854 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.17 
 
 
225 aa  49.7  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.69 
 
 
225 aa  50.1  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.8 
 
 
224 aa  49.3  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4460  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.22 
 
 
171 aa  48.9  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  30.1 
 
 
147 aa  49.3  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.84 
 
 
225 aa  48.9  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
224 aa  48.9  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.58 
 
 
228 aa  48.5  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.17 
 
 
149 aa  48.5  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0235  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.76 
 
 
171 aa  48.5  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.742856 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6450  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 
253 aa  48.5  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  27.88 
 
 
194 aa  48.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
425 aa  48.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.81 
 
 
222 aa  48.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  28.5 
 
 
425 aa  48.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.19 
 
 
243 aa  47.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2065  cyclic nucleotide-binding protein  31.78 
 
 
462 aa  47.8  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.41 
 
 
224 aa  47.8  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  27.88 
 
 
149 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
263 aa  47  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.85 
 
 
222 aa  46.6  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  30.94 
 
 
570 aa  46.6  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6054  cyclic nucleotide-binding protein  28.03 
 
 
159 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.507117  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  32.38 
 
 
412 aa  46.6  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0636  cyclic nucleotide-binding protein  39.13 
 
 
212 aa  46.2  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
227 aa  46.6  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  28.28 
 
 
286 aa  45.8  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.54 
 
 
225 aa  46.2  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0419  cyclic nucleotide-binding protein  36.62 
 
 
209 aa  45.8  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
246 aa  45.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
355 aa  45.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.38 
 
 
225 aa  45.8  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.45 
 
 
224 aa  45.8  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  26.15 
 
 
381 aa  45.8  0.0005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0411  cyclic nucleotide-binding protein  36.62 
 
 
209 aa  45.8  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
237 aa  45.8  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
224 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
224 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
224 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.47 
 
 
222 aa  45.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2270  cyclic nucleotide-binding protein  29.91 
 
 
477 aa  45.4  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166052 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1786  cyclic nucleotide-binding protein  25.87 
 
 
462 aa  45.1  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355982 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  26.19 
 
 
417 aa  45.1  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1067  cyclic nucleotide-binding protein  32.61 
 
 
210 aa  45.1  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.314176 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4606  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.57 
 
 
557 aa  45.1  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
224 aa  45.1  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1127  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24 
 
 
163 aa  44.3  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.871772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3723  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.32 
 
 
714 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
234 aa  44.3  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  32.29 
 
 
151 aa  44.7  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3249  cyclic nucleotide-binding protein  29.9 
 
 
171 aa  44.3  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
224 aa  44.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
224 aa  44.3  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0056  cyclic nucleotide-binding  30 
 
 
739 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  26.62 
 
 
164 aa  44.7  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  28.97 
 
 
160 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0840  cyclic nucleotide-binding protein  26.05 
 
 
350 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126759 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>