More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1516 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 182 aa  370  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 185 aa  177  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 181 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 423 aa  160  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 181 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 228 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 228 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  48.85 
 
 		 184 aa  158  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 181 aa  158  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 181 aa  157  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 228 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 180 aa  154  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 206 aa  153  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 181 aa  152  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  45.76 
 
 		 188 aa  152  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 181 aa  152  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 197 aa  152  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 184 aa  150  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  44.69 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 181 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  45.25 
 
 		 181 aa  147  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 181 aa  147  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  43.58 
 
 		 181 aa  147  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  44.13 
 
 		 203 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 181 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 181 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  43.02 
 
 		 181 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 202 aa  136  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 190 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  40.7 
 
 		 188 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  32.26 
 
 		 192 aa  95.9  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.14 
 
 		 1093 aa  66.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.86 
 
 		 1193 aa  62.4  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1539  two component LuxR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 		 740 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.14 
 
 		 617 aa  59.3  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 756 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2907  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 222 aa  56.6  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0590247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0438  transcriptional regulatory protein UhpA  55.77 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.36 
 
 		 736 aa  56.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6835  transcriptional regulator, LuxR family  38.67 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80633  normal  0.285546 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  50 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4476  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.24 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1062  transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1403  hypothetical protein  38.46 
 
 		 252 aa  54.7  0.0000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  41.98 
 
 		 208 aa  54.3  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0788  two component LuxR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.3296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1500  response regulator  42.37 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000401264 
 
 
-
 
NC_002950  PG1431  LuxR family DNA-binding response regulator  51.92 
 
 		 227 aa  53.9  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.338793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 213 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1784  response regulator  42.37 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  38 
 
 		 210 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  42.37 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1521  response regulator  42.37 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410508 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1955  response regulator  42.37 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159918 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  44.44 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26510  transcriptional regulator, luxR family  44 
 
 		 903 aa  53.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.427696 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0894  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 217 aa  53.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 218 aa  53.1  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  47.17 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1977  regulatory protein LuxR  50 
 
 		 235 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 218 aa  52.4  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  42.59 
 
 		 212 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 229 aa  52.8  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 310 aa  52.4  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 743 aa  52.4  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  45.28 
 
 		 226 aa  52  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1065  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 206 aa  52  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175211 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3181  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 214 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246114  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0514  LuxR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 206 aa  52  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5186  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 214 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5090  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 214 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2963  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 219 aa  52  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 209 aa  52  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 216 aa  51.6  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2245  transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 956 aa  51.6  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.00000425814  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1495  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.98 
 
 		 207 aa  51.6  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194449  normal  0.395611 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  49.06 
 
 		 204 aa  51.6  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4796  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 206 aa  51.2  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00878953 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 201 aa  51.2  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 209 aa  51.2  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 209 aa  51.2  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 209 aa  51.2  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1311  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 226 aa  51.2  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165019  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2254  transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 235 aa  51.2  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 637 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>