More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1539 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1539  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
230 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  153  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  153  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  39.34 
 
 
214 aa  153  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  38.03 
 
 
214 aa  152  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  38.86 
 
 
214 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  38.39 
 
 
226 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  38.86 
 
 
214 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  38.39 
 
 
214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  39.05 
 
 
214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  36.97 
 
 
229 aa  145  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  38.5 
 
 
216 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
213 aa  141  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  36.32 
 
 
214 aa  140  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2713  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
208 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  35.56 
 
 
232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  37.9 
 
 
220 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 
213 aa  138  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2312  two-component response regulator transcription regulator protein  37.9 
 
 
238 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.500036 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
232 aa  136  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  35.78 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  34.43 
 
 
214 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0121621 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  35.78 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  35.78 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  34.74 
 
 
227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  35.78 
 
 
218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  35.78 
 
 
218 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1873  response regulator receiver protein  35.55 
 
 
215 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.56104  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  35.65 
 
 
218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  34.4 
 
 
218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.82 
 
 
232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  35.65 
 
 
218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  35.65 
 
 
218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.68 
 
 
218 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  35.85 
 
 
218 aa  132  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  35.68 
 
 
218 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
214 aa  132  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  35.68 
 
 
218 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  35.68 
 
 
218 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  35.68 
 
 
218 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  35.68 
 
 
218 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  34.6 
 
 
214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  36.19 
 
 
215 aa  132  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
215 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2299  two component LuxR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
221 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  35.21 
 
 
218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4715  Two component LuxR family transcriptional regulator  34.96 
 
 
264 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  34.43 
 
 
218 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5584  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.85 
 
 
215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  34.91 
 
 
218 aa  128  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3925  two component LuxR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
215 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5813  two component LuxR family transcriptional regulator  37.26 
 
 
215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.118405 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  35.35 
 
 
220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  34.43 
 
 
218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3595  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
215 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0760  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 
215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0703  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 
215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.533722  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1725  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 
215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1154  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 
215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1228  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 
215 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0904383  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1570  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 
215 aa  125  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.17909  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.3 
 
 
218 aa  125  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5330  two component LuxR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
215 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858277  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2427  LuxR family DNA-binding response regulator  37.91 
 
 
282 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
214 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  33.33 
 
 
214 aa  124  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7047  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
215 aa  124  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  35.51 
 
 
229 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.57 
 
 
223 aa  124  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
218 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4664  two component LuxR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
219 aa  124  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3957  two component LuxR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
219 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
214 aa  122  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  35.41 
 
 
211 aa  122  4e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1743  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.62 
 
 
214 aa  122  4e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.370009  normal  0.039988 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
215 aa  122  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
211 aa  122  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1667  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
219 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.869411 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1402  two component LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
211 aa  122  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  33.97 
 
 
212 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
216 aa  121  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 
212 aa  121  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 
215 aa  121  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
214 aa  121  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.74 
 
 
218 aa  121  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.74 
 
 
218 aa  121  9e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2126  LuxR family DNA-binding response regulator  34.27 
 
 
219 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118459  normal  0.107719 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1137  two component LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
214 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>