More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0283 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
299 aa  624  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.5 
 
 
302 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.66 
 
 
305 aa  369  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.68 
 
 
301 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.88 
 
 
297 aa  332  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.58 
 
 
297 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.9 
 
 
297 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  50.68 
 
 
297 aa  310  2.9999999999999997e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.32 
 
 
298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  49.32 
 
 
299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.51 
 
 
296 aa  298  8e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.96 
 
 
279 aa  225  7e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  44.41 
 
 
292 aa  223  4e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.7 
 
 
282 aa  211  1e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.82 
 
 
290 aa  210  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.34 
 
 
295 aa  189  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
292 aa  186  3e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38 
 
 
290 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
292 aa  166  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.15 
 
 
295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
302 aa  159  6e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
296 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.47 
 
 
315 aa  151  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248411  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1499  UDP-galactose 4-epimerase  33.55 
 
 
293 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0451692 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
321 aa  129  8.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1709  UDP-glucose-4-epimerase  31.09 
 
 
313 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3338  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
309 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  28.24 
 
 
280 aa  103  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
292 aa  102  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.799707  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
303 aa  99  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
303 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  34.04 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
283 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
314 aa  88.2  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
303 aa  87.4  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3129  UDP-glucose 4-epimerase  32.26 
 
 
321 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
347 aa  85.9  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  29 
 
 
299 aa  85.5  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  32.26 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
315 aa  85.5  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
347 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2726  UDP-glucose 4-epimerase  32.26 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00760058  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
311 aa  83.2  0.000000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
347 aa  82.8  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  28.09 
 
 
295 aa  82  0.00000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2493  UDP-glucose 4-epimerase  33.85 
 
 
350 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.85 
 
 
292 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0055  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
346 aa  80.5  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
317 aa  80.1  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.31 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.19 
 
 
308 aa  79.3  0.00000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
310 aa  79.3  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
292 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.23 
 
 
298 aa  78.2  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
268 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
560 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
296 aa  77  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
306 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3907  UDP-glucose 4-epimerase  31.52 
 
 
336 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.179551 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.44 
 
 
320 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.81 
 
 
312 aa  75.9  0.0000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  33.16 
 
 
328 aa  75.5  0.0000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  29.34 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  31.55 
 
 
330 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
292 aa  75.5  0.000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
333 aa  75.1  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1559  UDP-glucose 4-epimerase  31.79 
 
 
338 aa  74.3  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0142095  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  31.61 
 
 
331 aa  74.3  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
327 aa  74.3  0.000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.83 
 
 
249 aa  73.9  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0187  UDP-galactose 4-epimerase  28.8 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.611091  decreased coverage  0.00729822 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.27 
 
 
328 aa  73.2  0.000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2509  UDP-glucose 4-epimerase  31.35 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1830  UDP-glucose 4-epimerase  27.91 
 
 
327 aa  73.2  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.352077  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2336  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.26 
 
 
357 aa  72.8  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.930883  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0795  UDP-glucose 4-epimerase  33.33 
 
 
327 aa  72.8  0.000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.56 
 
 
344 aa  72.8  0.000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
267 aa  72.8  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.5 
 
 
330 aa  72.4  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.56 
 
 
345 aa  72.4  0.000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1273  UDP-glucose 4-epimerase  28.92 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
325 aa  72.4  0.00000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  27.33 
 
 
323 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  26.01 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>