78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_2824 on replicon NC_013930
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  100 
 
 		 260 aa  538  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  25 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  27.9 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4237  hypothetical protein  21.8 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5191  type IV secretory pathway, conjugal transfert protein (putative precursor)  26.19 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.100483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1526  hypothetical protein  26.19 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  24.43 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  24.22 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  24.22 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  25.79 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  23.77 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  22.97 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.29 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5545  hypothetical protein  24.38 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0140243 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  20.98 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  19.7 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  19.91 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  22.07 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  21.62 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  23.26 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3697  hypothetical protein  20.96 
 
 		 231 aa  54.3  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.477801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6571  hypothetical protein  22.86 
 
 		 238 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.625526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  23.35 
 
 		 232 aa  53.5  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  19.46 
 
 		 234 aa  53.1  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  19.46 
 
 		 234 aa  52.8  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  19 
 
 		 234 aa  52.8  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  20.35 
 
 		 227 aa  52.4  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  22.66 
 
 		 232 aa  52  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  19.6 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  24.12 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  19.66 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  22.57 
 
 		 226 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  27.62 
 
 		 231 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  20.52 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  21.83 
 
 		 227 aa  50.4  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  17.81 
 
 		 234 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  19.79 
 
 		 234 aa  48.9  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  20.32 
 
 		 234 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  19.2 
 
 		 229 aa  48.9  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  18.72 
 
 		 234 aa  48.9  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  22.55 
 
 		 227 aa  48.9  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  23.12 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  24.35 
 
 		 229 aa  48.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  21.99 
 
 		 229 aa  48.5  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  17.54 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  19.38 
 
 		 227 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  23.68 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5009  hypothetical protein  27.11 
 
 		 242 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.289444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  20.83 
 
 		 232 aa  47.8  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5414  hypothetical protein  27.11 
 
 		 242 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  26.02 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  17.68 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  21.83 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  18.42 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  22.03 
 
 		 229 aa  46.6  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  21.76 
 
 		 227 aa  46.6  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  19.64 
 
 		 229 aa  46.2  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  19.64 
 
 		 229 aa  46.2  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  19.11 
 
 		 227 aa  46.2  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  20.35 
 
 		 229 aa  45.4  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4372  VirB8 family protein  27.85 
 
 		 228 aa  45.4  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.929771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  19.11 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2822  AAA ATPase central domain protein  29.59 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  19.47 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  20.4 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  20.63 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  17.55 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0167  VirB8 family protein  24.75 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.42485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  18.67 
 
 		 227 aa  44.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  20.61 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  21.56 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  21.56 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  25.77 
 
 		 220 aa  43.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5004  VirB8 family protein  23.64 
 
 		 229 aa  43.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04145  normal  0.518843 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0453  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  25.63 
 
 		 248 aa  43.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  17.94 
 
 		 227 aa  42.4  0.008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  19.91 
 
 		 261 aa  42.4  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  21.24 
 
 		 229 aa  42  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>