More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2195 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  100 
 
 		 236 aa  488  1e-137  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  36.93 
 
 		 229 aa  125  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.05 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 228 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  29.66 
 
 		 243 aa  112  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.93 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  30.74 
 
 		 248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  34.36 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  29.69 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  30.8 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  28.7 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 		 331 aa  97.8  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  28.44 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.05 
 
 		 320 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  31.71 
 
 		 578 aa  93.6  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  31.28 
 
 		 223 aa  93.2  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 		 322 aa  93.2  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  32.74 
 
 		 246 aa  92.8  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.66 
 
 		 300 aa  92.4  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.45 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.77 
 
 		 313 aa  89  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  26.72 
 
 		 228 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.92 
 
 		 293 aa  87.8  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  33.05 
 
 		 339 aa  87.8  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  29.2 
 
 		 305 aa  87.8  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  35.5 
 
 		 297 aa  87  2e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  29.65 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 		 558 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  32.09 
 
 		 541 aa  85.9  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  28.64 
 
 		 593 aa  85.5  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  29.15 
 
 		 283 aa  85.5  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  27.07 
 
 		 559 aa  85.5  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  30.41 
 
 		 567 aa  85.1  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.22 
 
 		 327 aa  85.1  9e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  31.2 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.15 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  27.95 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  30.11 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  32.76 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  30.11 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  25.51 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  29.26 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  29.55 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  29.94 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.74 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  25.33 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  31.11 
 
 		 362 aa  82.4  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.28 
 
 		 436 aa  82.4  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  33.05 
 
 		 346 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.71 
 
 		 360 aa  82.4  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.64 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  28.81 
 
 		 306 aa  82  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  27.04 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  27.11 
 
 		 523 aa  82  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 306 aa  82  0.000000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  29.74 
 
 		 334 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  26.67 
 
 		 249 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  30.89 
 
 		 378 aa  81.6  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  27.39 
 
 		 256 aa  81.6  0.000000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  25.53 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.75 
 
 		 195 aa  81.3  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  30.17 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  25.9 
 
 		 346 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.64 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1169  pseudouridine synthase  27.49 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000063461  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  25.82 
 
 		 256 aa  81.3  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  28.99 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  28.26 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  28.63 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.68 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.96 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  26.18 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  26.94 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2815  pseudouridine synthase  31.63 
 
 		 396 aa  80.5  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.24 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  31.72 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  28.87 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  28 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  28.26 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.24 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  32.24 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.24 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  32.24 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  28.82 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.24 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  26.43 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.24 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.61 
 
 		 526 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  31.47 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.24 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.42 
 
 		 276 aa  79.7  0.00000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  27.6 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  29.85 
 
 		 572 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>