More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3713 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3713  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 322 aa  612  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3012  secretion protein HlyD  32.25 
 
 		 407 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811928 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  29 
 
 		 484 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  29.32 
 
 		 398 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  28.1 
 
 		 484 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2710  RND family efflux transporter MFP subunit  31.1 
 
 		 407 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  27.47 
 
 		 399 aa  92.8  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  30.17 
 
 		 253 aa  88.2  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  28.3 
 
 		 404 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 424 aa  87.4  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  24.92 
 
 		 365 aa  87.4  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  28.21 
 
 		 404 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 404 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  29.93 
 
 		 379 aa  85.9  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  29.58 
 
 		 405 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  27.42 
 
 		 416 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 416 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 416 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 		 421 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.79 
 
 		 587 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  29.22 
 
 		 371 aa  82  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0514  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.770818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  28.43 
 
 		 397 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  28.16 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  25 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.38 
 
 		 390 aa  79.3  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 359 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  30.23 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.19 
 
 		 376 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  26.46 
 
 		 384 aa  77  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 354 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.22 
 
 		 346 aa  76.3  0.0000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 		 454 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  26.1 
 
 		 354 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 410 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.04 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  24.3 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  25.29 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06450  putative lipoprotein  25.94 
 
 		 392 aa  74.7  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.617391  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  26.28 
 
 		 423 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  29.45 
 
 		 422 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 		 346 aa  73.9  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.83 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 373 aa  73.9  0.000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 388 aa  73.9  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 392 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  28.98 
 
 		 407 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  25.59 
 
 		 418 aa  72.8  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3245  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 372 aa  72.8  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 457 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4352  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 		 369 aa  72.4  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 405 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  27.85 
 
 		 382 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  24.5 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  29.37 
 
 		 405 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 405 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  27.12 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  29.67 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0142  secretion protein HlyD  32.11 
 
 		 357 aa  70.9  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 376 aa  70.5  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 		 428 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  27.38 
 
 		 488 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1356  secretion protein HlyD  30.41 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  27.19 
 
 		 459 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 360 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 489 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 		 362 aa  69.3  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  27.66 
 
 		 489 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.42 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  26.1 
 
 		 344 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11688  cation efflux system protein  27.54 
 
 		 396 aa  69.3  0.00000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.600271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  24.17 
 
 		 358 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0772  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.22 
 
 		 353 aa  69.3  0.00000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000602446  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.17 
 
 		 358 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  25 
 
 		 360 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2214  putative component of multidrug efflux system  30.39 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  25.75 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 459 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.66 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  32.14 
 
 		 385 aa  68.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.04 
 
 		 454 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.13 
 
 		 457 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 		 407 aa  67.8  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.35 
 
 		 396 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>