More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_12490 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  70.97 
 
 		 1265 aa  717    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  71.6 
 
 		 1007 aa  704    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  70.72 
 
 		 717 aa  654    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  68.3 
 
 		 1334 aa  711    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  71.09 
 
 		 1041 aa  719    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  74.54 
 
 		 1427 aa  758    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  82.9 
 
 		 974 aa  858    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  71.05 
 
 		 908 aa  695    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  71.57 
 
 		 1058 aa  715    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  69.26 
 
 		 952 aa  713    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  70.55 
 
 		 1018 aa  681    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  68.07 
 
 		 953 aa  670    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  74.49 
 
 		 1194 aa  749    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  71.69 
 
 		 922 aa  703    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  68.54 
 
 		 1091 aa  679    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  70.55 
 
 		 1024 aa  712    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  69.52 
 
 		 1151 aa  717    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1618  ribonuclease, Rne/Rng family  72.19 
 
 		 944 aa  703    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127332  normal  0.810349 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  66.11 
 
 		 991 aa  675    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  70.96 
 
 		 1040 aa  748    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  71.37 
 
 		 1117 aa  714    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  69.38 
 
 		 959 aa  642    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  64.37 
 
 		 1113 aa  726    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  70.24 
 
 		 990 aa  702    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  70.92 
 
 		 702 aa  691    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  72.98 
 
 		 1070 aa  705    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 1093 aa  2168    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  66.11 
 
 		 991 aa  675    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  64.69 
 
 		 961 aa  702    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  66.67 
 
 		 1080 aa  696    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  61.16 
 
 		 1022 aa  576  1.0000000000000001e-163  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  60.73 
 
 		 1093 aa  570  1e-161  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  49.76 
 
 		 457 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  43.23 
 
 		 559 aa  336  1e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  43.24 
 
 		 564 aa  329  2.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  41.15 
 
 		 494 aa  323  9.000000000000001e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  43.89 
 
 		 636 aa  322  1.9999999999999998e-86  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  41.26 
 
 		 492 aa  320  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  44.83 
 
 		 411 aa  319  2e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  41.48 
 
 		 543 aa  317  6e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  42.18 
 
 		 562 aa  317  9e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  44.1 
 
 		 571 aa  313  1e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  43.14 
 
 		 483 aa  311  5e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  43.1 
 
 		 497 aa  304  6.000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1453  ribonuclease  43.96 
 
 		 416 aa  302  2e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000141125  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  42.02 
 
 		 496 aa  302  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  41.47 
 
 		 503 aa  301  4e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  39.52 
 
 		 496 aa  301  6e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  39.52 
 
 		 496 aa  301  6e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  38.94 
 
 		 503 aa  299  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  39.57 
 
 		 1057 aa  299  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  42.02 
 
 		 496 aa  298  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  44.47 
 
 		 485 aa  297  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  41.12 
 
 		 491 aa  296  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  44.47 
 
 		 485 aa  296  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  41.45 
 
 		 497 aa  296  2e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  37.26 
 
 		 1175 aa  296  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  37.83 
 
 		 1132 aa  296  2e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  39.57 
 
 		 1073 aa  295  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  38.76 
 
 		 1035 aa  295  4e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  37.62 
 
 		 1056 aa  294  5e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  41.45 
 
 		 497 aa  294  5e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  40.23 
 
 		 530 aa  294  8e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  39.04 
 
 		 1024 aa  293  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  37.59 
 
 		 1132 aa  293  1e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1614  ribonuclease E and G  38.61 
 
 		 476 aa  293  1e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0133634  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  40.42 
 
 		 938 aa  292  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  39.35 
 
 		 531 aa  291  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  38.48 
 
 		 1128 aa  291  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1467  ribonuclease  42.69 
 
 		 1031 aa  291  5.0000000000000004e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00760754  normal  0.972482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  38.24 
 
 		 1120 aa  290  9e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  36.49 
 
 		 1142 aa  290  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  38.28 
 
 		 1015 aa  289  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0842  RNAse G  43.95 
 
 		 492 aa  289  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0915958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1506  ribonuclease  41.32 
 
 		 490 aa  289  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  37.89 
 
 		 1012 aa  290  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  40.82 
 
 		 492 aa  289  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  38.13 
 
 		 1082 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0487  RNAse G  38.01 
 
 		 528 aa  288  4e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.258598  normal  0.0128564 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0098  ribonuclease  38.15 
 
 		 517 aa  288  4e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  36.26 
 
 		 1128 aa  288  5e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  36.97 
 
 		 1084 aa  287  7e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  38.61 
 
 		 1139 aa  286  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  39.32 
 
 		 1131 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0878  ribonuclease  39.09 
 
 		 808 aa  286  1.0000000000000001e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232207 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  37.65 
 
 		 1071 aa  286  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  37.53 
 
 		 1091 aa  286  1.0000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  36.64 
 
 		 1141 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  38.13 
 
 		 1091 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  38.77 
 
 		 1061 aa  286  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1736  ribonuclease, Rne/Rng family  40.58 
 
 		 496 aa  286  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  38.13 
 
 		 1086 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4278  ribonuclease  44.2 
 
 		 485 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2236  ribonuclease G  43.24 
 
 		 487 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  38.13 
 
 		 1090 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  35.55 
 
 		 1128 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  35.55 
 
 		 1102 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  36.26 
 
 		 1093 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  36.49 
 
 		 1124 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  35.81 
 
 		 1154 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>