More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1490 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  69.8 
 
 		 1061 aa  827    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  53.65 
 
 		 1132 aa  712    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  58.86 
 
 		 1048 aa  856    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  69.8 
 
 		 1061 aa  827    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  59.65 
 
 		 1142 aa  1201    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  54.55 
 
 		 1238 aa  711    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1088 aa  672    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  60.31 
 
 		 1091 aa  734    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  56.86 
 
 		 885 aa  681    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  69.58 
 
 		 1057 aa  836    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  53.21 
 
 		 1014 aa  681    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  72.27 
 
 		 1004 aa  882    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  60.73 
 
 		 1012 aa  750    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  62.97 
 
 		 1122 aa  838    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  61.94 
 
 		 1088 aa  1248    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  73.23 
 
 		 1065 aa  903    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  59.94 
 
 		 1128 aa  733    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1090 aa  673    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2244  ribonuclease E  52.46 
 
 		 663 aa  648    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2216  ribonuclease E  59.47 
 
 		 663 aa  645    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  59.59 
 
 		 1120 aa  724    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0256  RNAse E  58.13 
 
 		 1405 aa  637    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  59.32 
 
 		 1076 aa  645    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1088 aa  672    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  54.86 
 
 		 870 aa  701    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  61.46 
 
 		 1071 aa  785    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  63.35 
 
 		 1042 aa  676    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  61.95 
 
 		 1073 aa  739    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  59.09 
 
 		 873 aa  680    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  69.97 
 
 		 1061 aa  828    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  60.96 
 
 		 1025 aa  640    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  63.47 
 
 		 1085 aa  666    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  54.78 
 
 		 865 aa  677    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  59.72 
 
 		 764 aa  690    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  61.66 
 
 		 1038 aa  647    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  60.67 
 
 		 1082 aa  729    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  58.22 
 
 		 1058 aa  640    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  60.31 
 
 		 1090 aa  734    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  53.17 
 
 		 1053 aa  679    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  62.05 
 
 		 1144 aa  1256    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  64.61 
 
 		 1128 aa  1116    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  63.62 
 
 		 1091 aa  692    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  60.67 
 
 		 1040 aa  638    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  63.38 
 
 		 1216 aa  872    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  61.73 
 
 		 752 aa  726    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  59.07 
 
 		 1056 aa  732    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  52.37 
 
 		 977 aa  681    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  61.31 
 
 		 1068 aa  853    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  62.44 
 
 		 1128 aa  1247    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  63.47 
 
 		 1068 aa  667    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  70.14 
 
 		 1061 aa  828    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  60.59 
 
 		 1084 aa  1167    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  60.98 
 
 		 718 aa  664    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  62.56 
 
 		 1148 aa  1258    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  59.82 
 
 		 1059 aa  675    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  60.28 
 
 		 1007 aa  647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  65.41 
 
 		 928 aa  709    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  69.57 
 
 		 968 aa  737    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  59.82 
 
 		 1056 aa  675    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  58.19 
 
 		 1035 aa  881    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  55.98 
 
 		 904 aa  717    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  59.4 
 
 		 1041 aa  648    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  60.29 
 
 		 1096 aa  677    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1087 aa  673    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  64.51 
 
 		 1102 aa  1315    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  59.84 
 
 		 1141 aa  1157    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  60.98 
 
 		 720 aa  665    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  58.93 
 
 		 1175 aa  777    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  69.45 
 
 		 1061 aa  835    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  63.24 
 
 		 1216 aa  871    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0282  ribonuclease  58.13 
 
 		 1449 aa  636    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.936888  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  63.75 
 
 		 1037 aa  678    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  68.16 
 
 		 589 aa  732    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  60.89 
 
 		 1086 aa  735    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  50.29 
 
 		 1044 aa  656    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  59.82 
 
 		 1059 aa  675    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1087 aa  673    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  69.45 
 
 		 1061 aa  835    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  49.95 
 
 		 1070 aa  914    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  61.96 
 
 		 1158 aa  1266    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  59.55 
 
 		 942 aa  845    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  63.39 
 
 		 1093 aa  1265    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  57.84 
 
 		 998 aa  638    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  62.51 
 
 		 1095 aa  1265    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  63.55 
 
 		 1011 aa  677    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  68.91 
 
 		 1073 aa  744    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  100 
 
 		 1124 aa  2265    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  63.38 
 
 		 1216 aa  872    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  59.82 
 
 		 1068 aa  676    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  62.89 
 
 		 1057 aa  753    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  56.95 
 
 		 879 aa  681    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  59.82 
 
 		 1059 aa  675    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  63.83 
 
 		 1201 aa  1135    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  52.99 
 
 		 1132 aa  711    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  60.15 
 
 		 1111 aa  674    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  63.19 
 
 		 1098 aa  1259    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  65.3 
 
 		 688 aa  863    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  60.29 
 
 		 1097 aa  675    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  63.69 
 
 		 1090 aa  673    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  57.51 
 
 		 1092 aa  676    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>