More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3381 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  65.5 
 
 		 974 aa  734    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  72.55 
 
 		 959 aa  674    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  69.2 
 
 		 1024 aa  683    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  63.61 
 
 		 1041 aa  829    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  72.46 
 
 		 1043 aa  739    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  62.59 
 
 		 1058 aa  684    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  63.95 
 
 		 908 aa  901    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2634  ribonuclease  63.86 
 
 		 1016 aa  655    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0104153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  67.4 
 
 		 717 aa  657    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  66.21 
 
 		 1040 aa  700    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  75.86 
 
 		 1117 aa  750    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  82.99 
 
 		 922 aa  807    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  81.48 
 
 		 990 aa  818    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  74.47 
 
 		 1265 aa  759    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  74.76 
 
 		 1194 aa  768    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1587  ribonuclease, Rne/Rng family  75.16 
 
 		 1048 aa  714    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0101858  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 1007 aa  1978    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  63.25 
 
 		 991 aa  661    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1618  ribonuclease, Rne/Rng family  74.73 
 
 		 944 aa  749    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127332  normal  0.810349 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  72.06 
 
 		 1427 aa  779    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2058  ribonuclease, Rne/Rng family  61.07 
 
 		 1123 aa  691    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  72.43 
 
 		 1334 aa  796    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  71.13 
 
 		 1091 aa  715    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  74.27 
 
 		 952 aa  751    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  75.32 
 
 		 1018 aa  727    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  74.29 
 
 		 1151 aa  761    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  68.78 
 
 		 1113 aa  760    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3556  ribonuclease  63.25 
 
 		 987 aa  661    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0805889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  67.96 
 
 		 1080 aa  663    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  71.67 
 
 		 702 aa  704    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  60.89 
 
 		 1093 aa  738    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  73.37 
 
 		 1070 aa  714    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  63.25 
 
 		 991 aa  661    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  63.76 
 
 		 961 aa  659    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  62.22 
 
 		 953 aa  631  1e-179  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  57.58 
 
 		 1022 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  58.77 
 
 		 1244 aa  602  1.0000000000000001e-171  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  57.65 
 
 		 1093 aa  598  1e-169  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  50.12 
 
 		 457 aa  413  1e-114  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  45.48 
 
 		 559 aa  366  1e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  45.13 
 
 		 564 aa  356  1e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  46.45 
 
 		 636 aa  352  2e-95  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  45.12 
 
 		 562 aa  345  2e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  43 
 
 		 494 aa  345  2.9999999999999997e-93  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  43.1 
 
 		 492 aa  332  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  40.71 
 
 		 496 aa  327  9e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  40.71 
 
 		 496 aa  327  9e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  42.39 
 
 		 503 aa  327  9e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  43.1 
 
 		 496 aa  324  5e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  42.15 
 
 		 531 aa  323  9.999999999999999e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  41.92 
 
 		 503 aa  323  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  43.1 
 
 		 496 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  44.12 
 
 		 497 aa  322  3e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  44.15 
 
 		 571 aa  319  1e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  42.79 
 
 		 483 aa  317  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  43.03 
 
 		 497 aa  314  5.999999999999999e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  42.58 
 
 		 491 aa  314  6.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  43.41 
 
 		 497 aa  313  2e-83  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  39.91 
 
 		 543 aa  312  2e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  42.21 
 
 		 411 aa  312  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  45.39 
 
 		 485 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  45.27 
 
 		 485 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3192  ribonuclease G  42.32 
 
 		 500 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000845474  hitchhiker  1.74098e-16 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  37.83 
 
 		 1056 aa  309  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  37.68 
 
 		 1102 aa  308  3e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  39.61 
 
 		 1015 aa  308  4.0000000000000004e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0791  ribonuclease, Rne/Rng family  37.87 
 
 		 1076 aa  308  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127773  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1453  ribonuclease  44.47 
 
 		 416 aa  308  4.0000000000000004e-82  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000141125  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  39.37 
 
 		 1035 aa  307  5.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  37.44 
 
 		 1142 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0842  RNAse G  45.5 
 
 		 492 aa  306  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0915958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  39.42 
 
 		 968 aa  305  2.0000000000000002e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  42.34 
 
 		 492 aa  305  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  37.56 
 
 		 1131 aa  305  3.0000000000000004e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  37.59 
 
 		 1141 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0944  ribonuclease  45.61 
 
 		 485 aa  305  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0977  ribonuclease  45.61 
 
 		 485 aa  305  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  37.92 
 
 		 1084 aa  304  6.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  38.2 
 
 		 928 aa  304  7.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  42.33 
 
 		 489 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  38.29 
 
 		 1132 aa  303  9e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0937  ribonuclease, Rne/Rng family  45.36 
 
 		 485 aa  303  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  38.29 
 
 		 1132 aa  302  2e-80  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  42.33 
 
 		 489 aa  302  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  37.66 
 
 		 926 aa  302  2e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  42.33 
 
 		 489 aa  303  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  37.41 
 
 		 866 aa  302  2e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4278  ribonuclease  45.11 
 
 		 485 aa  301  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2657  ribonuclease E and G  45.05 
 
 		 490 aa  302  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121341  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  40.1 
 
 		 1024 aa  302  3e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  36.71 
 
 		 1128 aa  301  4e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  36.96 
 
 		 1201 aa  301  4e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  37.14 
 
 		 1175 aa  301  4e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  38.05 
 
 		 1238 aa  301  5e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1506  ribonuclease  40.65 
 
 		 490 aa  301  6e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  40.05 
 
 		 530 aa  301  6e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  38.83 
 
 		 1012 aa  300  9e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2271  ribonuclease G  44.34 
 
 		 493 aa  299  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  39.02 
 
 		 1091 aa  300  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  36.96 
 
 		 1124 aa  300  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>