More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2058 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_2634  ribonuclease  65.04 
 
 
1016 aa  755    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0104153  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3556  ribonuclease  67.39 
 
 
987 aa  780    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0805889  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  67.18 
 
 
922 aa  670    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  67.71 
 
 
953 aa  731    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  66.8 
 
 
1058 aa  681    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  67.48 
 
 
1040 aa  891    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  65.55 
 
 
1117 aa  696    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  69.07 
 
 
974 aa  729    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2058  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 
1123 aa  2222    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  64.52 
 
 
908 aa  641    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  64.2 
 
 
1007 aa  672    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  66.6 
 
 
1024 aa  678    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  62.46 
 
 
1151 aa  684    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  64.31 
 
 
1265 aa  681    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  57.1 
 
 
1093 aa  727    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  64.71 
 
 
1091 aa  655    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  67.12 
 
 
1194 aa  690    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  65.14 
 
 
1334 aa  699    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  65.44 
 
 
990 aa  680    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1587  ribonuclease, Rne/Rng family  68.98 
 
 
1048 aa  666    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0101858  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  66.07 
 
 
1244 aa  637    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  67.39 
 
 
991 aa  780    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  65.43 
 
 
1427 aa  704    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  60.34 
 
 
1113 aa  686    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  64.09 
 
 
952 aa  682    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  66.1 
 
 
1043 aa  688    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  62.29 
 
 
702 aa  642    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  66.28 
 
 
1070 aa  660    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  63.26 
 
 
1080 aa  663    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  64.57 
 
 
1018 aa  643    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  67.39 
 
 
991 aa  780    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  70.14 
 
 
961 aa  781    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  57.17 
 
 
959 aa  623  1e-177  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  61.05 
 
 
717 aa  616  1e-175  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1618  ribonuclease, Rne/Rng family  59.13 
 
 
944 aa  601  1e-170  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127332  normal  0.810349 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  57.31 
 
 
1022 aa  570  1e-161  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  55.43 
 
 
1093 aa  561  1e-158  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  49.39 
 
 
457 aa  393  1e-107  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  44.8 
 
 
636 aa  319  2e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  41.49 
 
 
492 aa  314  5.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  43.37 
 
 
564 aa  313  9e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  40.09 
 
 
494 aa  311  4e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  41.78 
 
 
559 aa  311  5e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  42.16 
 
 
483 aa  300  9e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  40.8 
 
 
562 aa  298  4e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  42.07 
 
 
497 aa  297  8e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1453  ribonuclease  43.6 
 
 
416 aa  297  1e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000141125  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  39.13 
 
 
543 aa  295  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  42.25 
 
 
497 aa  296  2e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2437  RNAse G  44.08 
 
 
483 aa  292  3e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  39.23 
 
 
1059 aa  291  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  42.68 
 
 
571 aa  291  5.0000000000000004e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  40.43 
 
 
411 aa  290  1e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  39.23 
 
 
1053 aa  290  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  42.55 
 
 
492 aa  289  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  38.98 
 
 
1092 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  39.23 
 
 
1088 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  39.23 
 
 
1111 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  39.23 
 
 
1085 aa  288  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  39.23 
 
 
1068 aa  288  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  39.23 
 
 
1068 aa  288  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  39.23 
 
 
1087 aa  287  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  39.23 
 
 
1088 aa  287  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  39.23 
 
 
1087 aa  287  5.999999999999999e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  43 
 
 
497 aa  286  1.0000000000000001e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1736  ribonuclease, Rne/Rng family  41.15 
 
 
496 aa  286  1.0000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  39.23 
 
 
1090 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  38.98 
 
 
1056 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  38.74 
 
 
1096 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  38.98 
 
 
1059 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  38.57 
 
 
1012 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  39.23 
 
 
1090 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  38.98 
 
 
1059 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  38.74 
 
 
1097 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0487  RNAse G  38.31 
 
 
528 aa  285  5.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.258598  normal  0.0128564 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  38.33 
 
 
938 aa  285  5.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  38.59 
 
 
1014 aa  284  6.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0482  ribonuclease  38.96 
 
 
528 aa  284  7.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000399886  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  39.45 
 
 
496 aa  283  9e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  39.45 
 
 
496 aa  283  9e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  39.31 
 
 
1057 aa  283  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  38.16 
 
 
866 aa  283  1e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  40.83 
 
 
968 aa  282  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  39.2 
 
 
503 aa  282  3e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  42.89 
 
 
485 aa  282  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  37.68 
 
 
1175 aa  281  5e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0878  ribonuclease  37.01 
 
 
808 aa  281  6e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00232207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  42.76 
 
 
485 aa  281  6e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  39.63 
 
 
503 aa  280  8e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  38.35 
 
 
1008 aa  280  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  38.24 
 
 
1074 aa  279  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  39.57 
 
 
489 aa  279  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  38.35 
 
 
1011 aa  279  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  36.92 
 
 
1056 aa  279  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  38.97 
 
 
1007 aa  278  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  40.05 
 
 
496 aa  278  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  40.89 
 
 
1073 aa  279  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2657  ribonuclease E and G  43.03 
 
 
490 aa  278  4e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121341  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0842  RNAse G  41.96 
 
 
492 aa  278  5e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0915958  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1975  ribonuclease G  38.89 
 
 
501 aa  277  8e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.767333  normal  0.670144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>