More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3452 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  72.64 
 
 		 922 aa  715    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  69.14 
 
 		 1091 aa  706    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  66.28 
 
 		 1040 aa  681    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  73.61 
 
 		 1058 aa  715    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  71.84 
 
 		 908 aa  702    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  73.67 
 
 		 1007 aa  719    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1587  ribonuclease, Rne/Rng family  74.42 
 
 		 1048 aa  713    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0101858  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  74.95 
 
 		 1117 aa  744    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  72.73 
 
 		 1018 aa  697    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  74.9 
 
 		 1194 aa  748    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  73.08 
 
 		 959 aa  679    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  73.22 
 
 		 974 aa  748    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  72.78 
 
 		 1024 aa  712    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  71.74 
 
 		 1041 aa  713    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  73.32 
 
 		 1043 aa  734    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2634  ribonuclease  63.99 
 
 		 1016 aa  658    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0104153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  71.89 
 
 		 1427 aa  757    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3556  ribonuclease  62.39 
 
 		 987 aa  666    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0805889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  68.09 
 
 		 952 aa  720    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  62.39 
 
 		 991 aa  666    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  71.02 
 
 		 990 aa  706    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2058  ribonuclease, Rne/Rng family  63.42 
 
 		 1123 aa  683    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  66.67 
 
 		 1151 aa  752    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  69.11 
 
 		 1113 aa  751    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  70.78 
 
 		 1334 aa  762    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  72.98 
 
 		 702 aa  701    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  66.79 
 
 		 1080 aa  677    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  100 
 
 		 1070 aa  2078    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  73.25 
 
 		 1244 aa  688    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  74.05 
 
 		 1265 aa  742    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  62.39 
 
 		 991 aa  666    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  59.38 
 
 		 1093 aa  725    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  56.98 
 
 		 961 aa  636    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  66.32 
 
 		 717 aa  632  1e-180  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  61.05 
 
 		 953 aa  627  1e-178  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  59.6 
 
 		 1022 aa  606  9.999999999999999e-173  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  59.21 
 
 		 1093 aa  596  1e-169  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  49.06 
 
 		 457 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  42.42 
 
 		 559 aa  333  8e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  42.86 
 
 		 564 aa  324  6e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  42.41 
 
 		 494 aa  322  3e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  41.89 
 
 		 492 aa  315  3.9999999999999997e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  42.65 
 
 		 636 aa  313  2e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  43.73 
 
 		 562 aa  310  1.0000000000000001e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  43.32 
 
 		 571 aa  305  3.0000000000000004e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  43.17 
 
 		 483 aa  305  4.0000000000000003e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  40 
 
 		 503 aa  299  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  39.61 
 
 		 543 aa  298  3e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  40.85 
 
 		 496 aa  298  5e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  39.29 
 
 		 503 aa  297  8e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  39.69 
 
 		 531 aa  296  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1719  ribonuclease, Rne/Rng family  41.79 
 
 		 495 aa  295  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  41.59 
 
 		 491 aa  295  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  36.82 
 
 		 1056 aa  295  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1914  ribonuclease G  41.79 
 
 		 495 aa  294  6e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.105978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  40.62 
 
 		 496 aa  293  1e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1614  ribonuclease E and G  39.66 
 
 		 476 aa  293  1e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0133634  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  39.42 
 
 		 496 aa  292  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  38.98 
 
 		 1035 aa  292  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  41.99 
 
 		 497 aa  291  3e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  37.02 
 
 		 938 aa  291  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  39.42 
 
 		 496 aa  292  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  41.97 
 
 		 497 aa  291  6e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  39.47 
 
 		 1175 aa  290  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3196  ribonuclease G  41.55 
 
 		 517 aa  290  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3192  ribonuclease G  39.69 
 
 		 500 aa  289  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000845474  hitchhiker  1.74098e-16 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  41.97 
 
 		 497 aa  288  4e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  38.74 
 
 		 1024 aa  287  7e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1735  ribonuclease  40.48 
 
 		 499 aa  287  8e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.776298 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0791  ribonuclease, Rne/Rng family  37.59 
 
 		 1076 aa  286  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127773  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  40.73 
 
 		 489 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  39.01 
 
 		 1131 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  35.89 
 
 		 1071 aa  286  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  40.84 
 
 		 411 aa  286  2.0000000000000002e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2690  ribonuclease, Rne/Rng family  39.16 
 
 		 508 aa  286  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  41.95 
 
 		 492 aa  286  2.0000000000000002e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  39.47 
 
 		 1082 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2437  RNAse G  43.73 
 
 		 483 aa  285  4.0000000000000003e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  39.95 
 
 		 1015 aa  285  4.0000000000000003e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  39.16 
 
 		 1084 aa  285  4.0000000000000003e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1453  ribonuclease  41.71 
 
 		 416 aa  284  5.000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000141125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  40 
 
 		 1057 aa  284  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2657  ribonuclease E and G  43.63 
 
 		 490 aa  284  6.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121341  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  40.73 
 
 		 489 aa  284  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  40.73 
 
 		 489 aa  284  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  39.06 
 
 		 968 aa  284  8.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  36.9 
 
 		 1074 aa  283  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1975  ribonuclease G  39.34 
 
 		 501 aa  283  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.767333  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  43.17 
 
 		 485 aa  283  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  43.17 
 
 		 485 aa  283  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  38.64 
 
 		 1128 aa  283  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  39.18 
 
 		 530 aa  281  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  36.49 
 
 		 1128 aa  281  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  38.38 
 
 		 1142 aa  281  6e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  38.12 
 
 		 1201 aa  280  8e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  40 
 
 		 1073 aa  280  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2622  ribonuclease  40.82 
 
 		 495 aa  280  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.134326  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3527  ribonuclease  39.44 
 
 		 515 aa  280  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.255196  normal  0.0164409 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  36.78 
 
 		 782 aa  280  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  36.78 
 
 		 782 aa  280  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>