More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0791 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0321  ribonuclease  72.14 
 
 		 489 aa  736    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.691253  normal  0.292271 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0791  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 1076 aa  2152    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127773  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0537  ribonuclease E  67.57 
 
 		 486 aa  717    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.155114  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0457  ribonuclease, Rne/Rng family  61.84 
 
 		 489 aa  637    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2376  ribonuclease, Rne/Rng family  71.01 
 
 		 491 aa  735    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3349  ribonuclease, Rne/Rng family  58.96 
 
 		 490 aa  602  1e-170  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  43.54 
 
 		 926 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  42.59 
 
 		 866 aa  414  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  41.93 
 
 		 919 aa  399  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  42.77 
 
 		 792 aa  399  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  41.7 
 
 		 808 aa  394  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0700  ribonuclease, Rne/Rng family  42.15 
 
 		 903 aa  390  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000181353  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  43.57 
 
 		 1016 aa  390  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  41.37 
 
 		 741 aa  387  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1831  ribonuclease  44.84 
 
 		 495 aa  387  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0301322 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2546  ribonuclease E  41.13 
 
 		 806 aa  386  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000147077  hitchhiker  1.1855699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0256  RNAse E  40 
 
 		 1405 aa  382  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0282  ribonuclease  40 
 
 		 1449 aa  381  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.936888  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0479  ribonuclease  40.21 
 
 		 1368 aa  377  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1073 aa  371  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  42.16 
 
 		 928 aa  372  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  41.95 
 
 		 1175 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  41.06 
 
 		 904 aa  365  3e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  40.82 
 
 		 1142 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  41.24 
 
 		 1201 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  41.86 
 
 		 1124 aa  363  1e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  42.31 
 
 		 499 aa  362  1e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  41.86 
 
 		 1098 aa  363  1e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  40.99 
 
 		 1056 aa  362  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  39.67 
 
 		 938 aa  362  2e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  41.86 
 
 		 1093 aa  362  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  40.51 
 
 		 782 aa  362  3e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  40.51 
 
 		 782 aa  362  3e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  42.34 
 
 		 1071 aa  361  4e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  41.51 
 
 		 1238 aa  361  4e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  42.41 
 
 		 1091 aa  360  7e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  40.82 
 
 		 1102 aa  360  8e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  41.44 
 
 		 1128 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  41.65 
 
 		 1095 aa  360  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  41.44 
 
 		 1158 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  41.44 
 
 		 1154 aa  358  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  41.03 
 
 		 1084 aa  357  5e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  41.44 
 
 		 1144 aa  357  5e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  40.85 
 
 		 1057 aa  357  6.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  42.13 
 
 		 968 aa  356  1e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  42.41 
 
 		 1216 aa  355  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  42.41 
 
 		 1216 aa  355  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  40.72 
 
 		 1132 aa  355  2e-96  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  41.65 
 
 		 1128 aa  355  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  42.41 
 
 		 1216 aa  355  2e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  41.44 
 
 		 1148 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2816  ribonuclease E  41.79 
 
 		 1121 aa  355  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00267025  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  40.72 
 
 		 1132 aa  355  2.9999999999999997e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  41.65 
 
 		 1088 aa  355  2.9999999999999997e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  41.98 
 
 		 1113 aa  354  5e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  42.41 
 
 		 1122 aa  354  5.9999999999999994e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  41.79 
 
 		 1131 aa  354  5.9999999999999994e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  41.67 
 
 		 1012 aa  353  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  40.85 
 
 		 1073 aa  352  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  41.58 
 
 		 1058 aa  351  4e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  41.31 
 
 		 1139 aa  350  8e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  39.79 
 
 		 1061 aa  350  1e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  39.45 
 
 		 1014 aa  349  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  42 
 
 		 1060 aa  348  3e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  40.89 
 
 		 1128 aa  348  4e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  40.54 
 
 		 752 aa  347  5e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  41.53 
 
 		 1072 aa  347  7e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  38.77 
 
 		 1092 aa  347  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  42.13 
 
 		 1035 aa  346  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  41.1 
 
 		 720 aa  345  2e-93  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  40.68 
 
 		 1120 aa  345  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  40.97 
 
 		 1015 aa  345  4e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  39.23 
 
 		 1011 aa  344  5e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  40.68 
 
 		 1082 aa  344  5.999999999999999e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1067 aa  344  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1067 aa  344  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1067 aa  344  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1068 aa  344  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1068 aa  344  7e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  41.1 
 
 		 718 aa  344  7e-93  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  39.02 
 
 		 1008 aa  343  8e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1061 aa  343  1e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1061 aa  343  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  40 
 
 		 1141 aa  343  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1061 aa  343  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  39.06 
 
 		 873 aa  343  1e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1061 aa  343  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  39.19 
 
 		 1059 aa  343  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  38.56 
 
 		 1096 aa  343  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  41.34 
 
 		 1061 aa  342  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  41.34 
 
 		 1061 aa  342  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  41.31 
 
 		 1091 aa  342  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  41.34 
 
 		 1061 aa  342  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  38.19 
 
 		 1074 aa  342  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  39.7 
 
 		 870 aa  342  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  41.89 
 
 		 764 aa  342  2e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1057 aa  342  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  41.34 
 
 		 1061 aa  342  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  38.98 
 
 		 1053 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  41.25 
 
 		 1086 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>