More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2042 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  97.64 
 
 		 1061 aa  1765    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  97.83 
 
 		 1061 aa  1765    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  69.54 
 
 		 1154 aa  834    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  55.61 
 
 		 782 aa  639    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  57.07 
 
 		 879 aa  661    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  50.56 
 
 		 885 aa  669    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  54.68 
 
 		 1142 aa  869    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  52.98 
 
 		 1014 aa  681    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  100 
 
 		 1057 aa  2117    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  69.52 
 
 		 1004 aa  830    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  69.54 
 
 		 1144 aa  832    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  58.7 
 
 		 1056 aa  655    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  55.5 
 
 		 1088 aa  857    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  62.26 
 
 		 1128 aa  747    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  58.91 
 
 		 1090 aa  653    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  73.27 
 
 		 1139 aa  739    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  53.95 
 
 		 1029 aa  640    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  62.96 
 
 		 1120 aa  738    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  59.02 
 
 		 938 aa  708    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  59.98 
 
 		 1113 aa  1174    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  58.91 
 
 		 1087 aa  654    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  56.05 
 
 		 870 aa  650    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  54.15 
 
 		 1132 aa  699    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  63.06 
 
 		 1042 aa  655    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  49.27 
 
 		 1088 aa  639    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  64.76 
 
 		 1058 aa  1209    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  57.49 
 
 		 873 aa  660    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  71.69 
 
 		 1216 aa  1130    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  55.03 
 
 		 1040 aa  639    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  81.79 
 
 		 1067 aa  1543    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  73.74 
 
 		 1048 aa  1389    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  59.8 
 
 		 764 aa  692    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  59.8 
 
 		 1082 aa  738    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  98.02 
 
 		 1061 aa  1771    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  97.83 
 
 		 1061 aa  1771    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  69.54 
 
 		 1148 aa  833    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  52.42 
 
 		 1053 aa  675    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  53.95 
 
 		 1025 aa  642    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  81.61 
 
 		 1068 aa  1543    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  70.62 
 
 		 1056 aa  728    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  97.55 
 
 		 1061 aa  1790    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  60.03 
 
 		 752 aa  701    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  67.5 
 
 		 688 aa  880    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  57.53 
 
 		 1092 aa  678    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  54.45 
 
 		 977 aa  661    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  54.22 
 
 		 1015 aa  922    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  62.17 
 
 		 1072 aa  749    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  63.11 
 
 		 1060 aa  1189    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  58.68 
 
 		 1068 aa  647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  63.01 
 
 		 1073 aa  736    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  97.93 
 
 		 1061 aa  1784    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  54.97 
 
 		 1201 aa  855    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  52.65 
 
 		 1035 aa  927    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  55.97 
 
 		 1238 aa  704    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  54.24 
 
 		 1007 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  61.97 
 
 		 1012 aa  746    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  66.09 
 
 		 968 aa  723    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  97.64 
 
 		 1061 aa  1765    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  82.07 
 
 		 1067 aa  1551    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  55.02 
 
 		 904 aa  699    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  98.11 
 
 		 1061 aa  1780    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  52.48 
 
 		 1008 aa  662    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  59.27 
 
 		 1096 aa  664    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  50.23 
 
 		 1084 aa  869    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  50.27 
 
 		 1102 aa  883    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  59.27 
 
 		 1097 aa  662    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  61.04 
 
 		 1175 aa  764    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  58.91 
 
 		 1088 aa  654    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  64.44 
 
 		 1122 aa  1168    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  55.61 
 
 		 782 aa  639    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  54.01 
 
 		 998 aa  635    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  57.88 
 
 		 1058 aa  636    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  58.44 
 
 		 1037 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  82.08 
 
 		 589 aa  879    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  61.02 
 
 		 1086 aa  732    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  59.06 
 
 		 1111 aa  657    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  58.7 
 
 		 1059 aa  655    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  58.91 
 
 		 1087 aa  654    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  61.13 
 
 		 928 aa  712    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  68.97 
 
 		 1128 aa  827    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  48.97 
 
 		 1070 aa  873    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  51.47 
 
 		 1011 aa  661    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  51.65 
 
 		 942 aa  903    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  51.13 
 
 		 1095 aa  843    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  65.02 
 
 		 1216 aa  1142    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  62.32 
 
 		 1073 aa  724    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  52.35 
 
 		 1044 aa  655    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  59.06 
 
 		 1068 aa  657    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  58.91 
 
 		 1090 aa  653    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  63.82 
 
 		 1057 aa  745    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  54.15 
 
 		 1132 aa  698    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  58.7 
 
 		 1059 aa  655    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  55.7 
 
 		 1128 aa  853    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  54.25 
 
 		 865 aa  659    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  66 
 
 		 1091 aa  680    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  64.07 
 
 		 1216 aa  1135    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  56.34 
 
 		 1098 aa  862    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  69.54 
 
 		 1158 aa  834    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  82.07 
 
 		 1067 aa  1551    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  81.7 
 
 		 1068 aa  1547    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>