More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1677 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  71.24 
 
 		 1061 aa  1112    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  71.24 
 
 		 1061 aa  1111    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  70.79 
 
 		 1061 aa  1118    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  66.6 
 
 		 1091 aa  689    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  63.88 
 
 		 928 aa  708    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  72.24 
 
 		 1091 aa  723    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  49.66 
 
 		 1059 aa  656    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  56.73 
 
 		 885 aa  664    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  69.03 
 
 		 1122 aa  1197    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  53.27 
 
 		 1014 aa  699    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  69.69 
 
 		 1004 aa  835    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  59.08 
 
 		 1088 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  62.34 
 
 		 1072 aa  747    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  69.12 
 
 		 1088 aa  856    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  62.28 
 
 		 1128 aa  742    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  59.08 
 
 		 1090 aa  665    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  66.46 
 
 		 1141 aa  882    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  60.41 
 
 		 1061 aa  664    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  71.27 
 
 		 1061 aa  1117    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  62.18 
 
 		 1120 aa  730    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  62.45 
 
 		 782 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  68.58 
 
 		 1067 aa  1144    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  59.08 
 
 		 1087 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  55.67 
 
 		 870 aa  662    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  56.27 
 
 		 865 aa  675    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  56.25 
 
 		 1042 aa  675    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  59.08 
 
 		 1090 aa  665    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  52.35 
 
 		 1044 aa  649    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  56.1 
 
 		 873 aa  661    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  51.16 
 
 		 1011 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  100 
 
 		 1216 aa  2451    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  58.86 
 
 		 1085 aa  658    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  67.96 
 
 		 688 aa  880    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  59.04 
 
 		 764 aa  692    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  58.33 
 
 		 1040 aa  647    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  62.68 
 
 		 1082 aa  729    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  54.48 
 
 		 1132 aa  706    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  63.9 
 
 		 1131 aa  865    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  58.32 
 
 		 1071 aa  759    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  50.68 
 
 		 1053 aa  669    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  62.73 
 
 		 1025 aa  643    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  68.46 
 
 		 1128 aa  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  68.58 
 
 		 1068 aa  1145    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  70.79 
 
 		 1061 aa  1113    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  54.04 
 
 		 1132 aa  700    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  58.31 
 
 		 752 aa  703    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  59.08 
 
 		 1088 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  63.67 
 
 		 977 aa  657    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  68.44 
 
 		 1067 aa  1143    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  72.24 
 
 		 1090 aa  722    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  48.24 
 
 		 1142 aa  890    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  58.86 
 
 		 1068 aa  659    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  54.8 
 
 		 1201 aa  887    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  57 
 
 		 1111 aa  665    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  70.9 
 
 		 1061 aa  1119    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  99.18 
 
 		 1216 aa  2177    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  57.02 
 
 		 1092 aa  671    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  63.62 
 
 		 1048 aa  1145    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  68.6 
 
 		 968 aa  739    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  68.55 
 
 		 1148 aa  856    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  71.35 
 
 		 1061 aa  1114    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  63.51 
 
 		 904 aa  691    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  69.74 
 
 		 1065 aa  848    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  68.39 
 
 		 1154 aa  857    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  57.34 
 
 		 1096 aa  668    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  49.33 
 
 		 1084 aa  888    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  48.81 
 
 		 1102 aa  893    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  74.83 
 
 		 1035 aa  897    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  57.82 
 
 		 1175 aa  759    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  62.45 
 
 		 782 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  63.95 
 
 		 720 aa  636    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  68.58 
 
 		 1068 aa  1147    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  59.28 
 
 		 938 aa  717    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  68.39 
 
 		 1144 aa  855    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  63.27 
 
 		 1037 aa  665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  83.02 
 
 		 589 aa  894    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  98.61 
 
 		 1216 aa  2138    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  73.06 
 
 		 1139 aa  736    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  61.88 
 
 		 1012 aa  748    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  51.79 
 
 		 1056 aa  735    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  56.95 
 
 		 879 aa  671    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  53.01 
 
 		 1070 aa  868    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  62.73 
 
 		 1029 aa  643    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  72.56 
 
 		 942 aa  879    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  69.98 
 
 		 1093 aa  857    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  70.15 
 
 		 1095 aa  857    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  59.78 
 
 		 1073 aa  731    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  63.93 
 
 		 1073 aa  733    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  64.71 
 
 		 1124 aa  870    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  68.39 
 
 		 1158 aa  857    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  59.08 
 
 		 1087 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  59.82 
 
 		 1057 aa  742    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  56.83 
 
 		 1056 aa  663    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  50.87 
 
 		 1038 aa  636    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  54.23 
 
 		 1128 aa  859    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  57.34 
 
 		 1097 aa  666    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  84.99 
 
 		 1057 aa  1056    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  54.25 
 
 		 1098 aa  877    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  55.99 
 
 		 1238 aa  708    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  68.48 
 
 		 1067 aa  1144    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>