More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1905 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  72.45 
 
 
1061 aa  732    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  72.45 
 
 
1061 aa  732    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  65.07 
 
 
1071 aa  854    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  72.45 
 
 
1061 aa  732    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 
1091 aa  2092    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1481  ribonuclease E  55.52 
 
 
885 aa  690    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00665357  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  54.95 
 
 
720 aa  651    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  55.25 
 
 
1014 aa  746    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  57.56 
 
 
1132 aa  724    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  59.31 
 
 
1004 aa  758    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  100 
 
 
1090 aa  1151    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  72.45 
 
 
1061 aa  732    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  47.01 
 
 
1088 aa  747    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  67.69 
 
 
1091 aa  709    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  67.4 
 
 
1128 aa  1177    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  54.78 
 
 
1090 aa  724    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  62.16 
 
 
1067 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  82.92 
 
 
1120 aa  1123    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0256  RNAse E  61.6 
 
 
1405 aa  655    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  60.57 
 
 
1025 aa  692    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  54.78 
 
 
1087 aa  725    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  57.44 
 
 
870 aa  703    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  85 
 
 
1073 aa  1055    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  56.94 
 
 
1042 aa  722    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  55.44 
 
 
1088 aa  732    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  63.21 
 
 
1216 aa  738    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  61.32 
 
 
873 aa  695    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  63.81 
 
 
1144 aa  738    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  54.21 
 
 
1044 aa  685    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  63.81 
 
 
1158 aa  739    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  55.44 
 
 
1085 aa  729    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  54.78 
 
 
1090 aa  724    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  70.47 
 
 
764 aa  715    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  70.97 
 
 
1082 aa  1180    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  63.21 
 
 
1216 aa  738    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  62.16 
 
 
1067 aa  744    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  54.95 
 
 
718 aa  650    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  56.46 
 
 
1053 aa  753    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  47.15 
 
 
1098 aa  756    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  56.37 
 
 
1238 aa  728    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  62.28 
 
 
1076 aa  681    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  58.03 
 
 
865 aa  718    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  63.19 
 
 
752 aa  714    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  59.62 
 
 
688 aa  750    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  55.63 
 
 
1088 aa  736    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  54.94 
 
 
977 aa  731    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  62.16 
 
 
1068 aa  744    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  61.1 
 
 
998 aa  691    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  55.59 
 
 
1068 aa  705    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0479  ribonuclease  61.08 
 
 
1368 aa  643    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  63.21 
 
 
1216 aa  738    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  72.45 
 
 
1061 aa  731    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  72.45 
 
 
1057 aa  733    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  54.39 
 
 
1097 aa  715    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  57.03 
 
 
1007 aa  687    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  60.1 
 
 
879 aa  709    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  72.21 
 
 
968 aa  782    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  63.81 
 
 
1148 aa  737    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  59.94 
 
 
1122 aa  741    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  55.89 
 
 
904 aa  721    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  65.76 
 
 
1056 aa  809    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  87.18 
 
 
1012 aa  1064    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  61.13 
 
 
1041 aa  676    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  62.55 
 
 
1096 aa  703    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  68.59 
 
 
1128 aa  721    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  60.76 
 
 
1102 aa  745    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  95.11 
 
 
1072 aa  1217    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  68.79 
 
 
1201 aa  726    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  66.41 
 
 
1175 aa  855    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  63.39 
 
 
1065 aa  750    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  63.51 
 
 
1035 aa  741    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0282  ribonuclease  61.6 
 
 
1449 aa  654    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.936888  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  60.57 
 
 
1040 aa  683    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  55.8 
 
 
1059 aa  743    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  64.46 
 
 
1037 aa  712    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0440  ribonuclease E  68.78 
 
 
589 aa  674    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  62.26 
 
 
1038 aa  684    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  54.19 
 
 
1011 aa  728    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  60.79 
 
 
1111 aa  706    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  62.48 
 
 
1059 aa  707    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  47.09 
 
 
1128 aa  751    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  66.67 
 
 
928 aa  734    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  56.91 
 
 
1070 aa  754    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  57.72 
 
 
1132 aa  725    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  56.75 
 
 
942 aa  716    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  46.87 
 
 
1093 aa  764    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  52.96 
 
 
1142 aa  730    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  48.02 
 
 
1095 aa  766    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  72.45 
 
 
1061 aa  731    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  70.16 
 
 
1073 aa  748    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  50.23 
 
 
1124 aa  752    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  57.7 
 
 
1141 aa  740    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  55.13 
 
 
1092 aa  728    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  63.21 
 
 
1068 aa  709    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  85.31 
 
 
1057 aa  1071    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  98.71 
 
 
1086 aa  1207    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  62.48 
 
 
1059 aa  707    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  54.78 
 
 
1087 aa  725    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  56.99 
 
 
1056 aa  713    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  62.52 
 
 
1084 aa  724    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>