More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0700 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  77.43 
 
 		 808 aa  798    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2546  ribonuclease E  75.41 
 
 		 806 aa  782    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000147077  hitchhiker  1.1855699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  71.55 
 
 		 741 aa  744    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  84.2 
 
 		 792 aa  854    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0700  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 903 aa  1774    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000181353  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  93.95 
 
 		 919 aa  1402    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  75.77 
 
 		 866 aa  790    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  58.63 
 
 		 926 aa  602  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  49.57 
 
 		 1238 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  48.7 
 
 		 1132 aa  464  1e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  46 
 
 		 1132 aa  462  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  50.22 
 
 		 873 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  45.78 
 
 		 1016 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  48.9 
 
 		 1056 aa  454  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  47.4 
 
 		 904 aa  450  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  48.92 
 
 		 1091 aa  451  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  45.72 
 
 		 1071 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  45.3 
 
 		 1072 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  46.46 
 
 		 1053 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  47.08 
 
 		 1068 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  43.62 
 
 		 1175 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  45.72 
 
 		 938 aa  446  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  49.67 
 
 		 1057 aa  445  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  46.88 
 
 		 1088 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  46.97 
 
 		 1014 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  46.88 
 
 		 1111 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  48.34 
 
 		 1128 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  47.29 
 
 		 1090 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  47.29 
 
 		 1090 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  46.28 
 
 		 1097 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  47.29 
 
 		 1087 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  49.67 
 
 		 1073 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  46.88 
 
 		 1085 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  48.12 
 
 		 1082 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  46.46 
 
 		 1056 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  47.84 
 
 		 1139 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  44.51 
 
 		 1061 aa  440  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  46.28 
 
 		 1096 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  46.78 
 
 		 1059 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  46.46 
 
 		 1059 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  47.29 
 
 		 1087 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  45.29 
 
 		 1073 aa  440  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  46.78 
 
 		 1068 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  47.29 
 
 		 1088 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  46.46 
 
 		 1059 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  46.25 
 
 		 1092 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  49.01 
 
 		 1091 aa  439  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  47.19 
 
 		 1008 aa  438  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  48.12 
 
 		 1120 aa  438  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  49.01 
 
 		 1086 aa  439  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  48.34 
 
 		 1012 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  49.01 
 
 		 1090 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  46.97 
 
 		 928 aa  435  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  46.97 
 
 		 1011 aa  435  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  46.97 
 
 		 1042 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  43.24 
 
 		 1015 aa  433  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  44.25 
 
 		 977 aa  434  1e-120  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  47.4 
 
 		 1037 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  47.08 
 
 		 1035 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  46.97 
 
 		 870 aa  430  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  46.87 
 
 		 1024 aa  432  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  44.8 
 
 		 1070 aa  432  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  43.8 
 
 		 1131 aa  431  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  45.08 
 
 		 1044 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  45.59 
 
 		 499 aa  427  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  43.64 
 
 		 1142 aa  429  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  48.12 
 
 		 998 aa  429  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  43.79 
 
 		 1095 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  47.46 
 
 		 1058 aa  427  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  44.11 
 
 		 1144 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  43.26 
 
 		 879 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  41.58 
 
 		 1004 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  46.23 
 
 		 1076 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  43 
 
 		 1201 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  45.82 
 
 		 1007 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  43.58 
 
 		 1093 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  44.82 
 
 		 1141 aa  425  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  41.44 
 
 		 1124 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  44.11 
 
 		 1154 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1831  ribonuclease  45.95 
 
 		 495 aa  426  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0301322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  43.58 
 
 		 1098 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  46.14 
 
 		 782 aa  419  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  44.51 
 
 		 1088 aa  422  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  44.31 
 
 		 1128 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  44.11 
 
 		 1148 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  47.59 
 
 		 764 aa  422  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  44.11 
 
 		 1158 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  46.37 
 
 		 1122 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  46.23 
 
 		 1041 aa  420  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  42.15 
 
 		 1102 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  46.14 
 
 		 782 aa  419  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  42.97 
 
 		 1084 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  47.46 
 
 		 1040 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  45.7 
 
 		 1074 aa  419  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  43.86 
 
 		 1128 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  46.41 
 
 		 1048 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  47.14 
 
 		 968 aa  419  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  46.19 
 
 		 1061 aa  415  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  45.63 
 
 		 1216 aa  416  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  46.19 
 
 		 1057 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>