More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0592 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  65.9 
 
 		 865 aa  860    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  60.8 
 
 		 1056 aa  640    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  65.14 
 
 		 1090 aa  686    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  56.06 
 
 		 1067 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  65.55 
 
 		 1090 aa  864    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  65.14 
 
 		 1091 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  52.3 
 
 		 1060 aa  639    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  64.93 
 
 		 1014 aa  917    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  55.46 
 
 		 1004 aa  667    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  55.25 
 
 		 1128 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  72.77 
 
 		 1044 aa  945    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  55.04 
 
 		 1088 aa  639    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  57.94 
 
 		 1072 aa  714    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  56.96 
 
 		 1128 aa  689    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  59.78 
 
 		 928 aa  663    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  65.55 
 
 		 1090 aa  864    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  56.06 
 
 		 1068 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  57.51 
 
 		 1015 aa  645    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  64.8 
 
 		 1120 aa  683    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  66.02 
 
 		 1076 aa  913    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  61.74 
 
 		 1074 aa  923    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  56.41 
 
 		 1012 aa  695    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  79.97 
 
 		 998 aa  1063    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  61.74 
 
 		 870 aa  820    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  62.78 
 
 		 1011 aa  904    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  65.96 
 
 		 1042 aa  882    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  50.57 
 
 		 1216 aa  651    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  65.69 
 
 		 873 aa  767    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  65.4 
 
 		 1086 aa  687    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  79.36 
 
 		 1040 aa  937    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  65.83 
 
 		 1085 aa  875    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  56.06 
 
 		 1068 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  57.75 
 
 		 764 aa  643    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  65.97 
 
 		 1088 aa  881    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  55.19 
 
 		 1082 aa  700    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  56.9 
 
 		 1142 aa  641    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  57.63 
 
 		 1131 aa  669    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  63.72 
 
 		 1073 aa  694    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  65.12 
 
 		 1053 aa  900    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  53.59 
 
 		 1238 aa  694    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  50.57 
 
 		 1216 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  57.14 
 
 		 752 aa  642    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  58.74 
 
 		 938 aa  685    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  58.78 
 
 		 977 aa  810    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  56.06 
 
 		 1067 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  51.53 
 
 		 688 aa  640    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  65.14 
 
 		 1068 aa  857    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  57.71 
 
 		 1035 aa  641    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  100 
 
 		 1058 aa  2088    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  62.52 
 
 		 1139 aa  693    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  64.63 
 
 		 1056 aa  864    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  75.16 
 
 		 1007 aa  927    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  65.55 
 
 		 1087 aa  866    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  60.77 
 
 		 968 aa  639    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  50.43 
 
 		 1071 aa  681    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  55.18 
 
 		 1016 aa  640    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  66.08 
 
 		 904 aa  767    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  78.46 
 
 		 1041 aa  901    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  64.9 
 
 		 1096 aa  876    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  65.55 
 
 		 1087 aa  866    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  44.11 
 
 		 1102 aa  659    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  75.34 
 
 		 1038 aa  889    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  51.07 
 
 		 1216 aa  652    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  57.61 
 
 		 1175 aa  661    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  54.45 
 
 		 1132 aa  657    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  71.36 
 
 		 1111 aa  853    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  71.05 
 
 		 1061 aa  800    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  61.6 
 
 		 1088 aa  871    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  71.31 
 
 		 1037 aa  861    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2816  ribonuclease E  50.63 
 
 		 1121 aa  650    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00267025  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  57.66 
 
 		 1201 aa  646    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  51.33 
 
 		 1122 aa  640    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  71.69 
 
 		 1059 aa  857    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  54.97 
 
 		 1132 aa  662    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  57.74 
 
 		 1128 aa  646    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  49.57 
 
 		 1070 aa  654    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  56.05 
 
 		 1091 aa  648    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  63.06 
 
 		 1008 aa  902    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  55.9 
 
 		 1093 aa  650    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  57.22 
 
 		 1141 aa  668    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  55.73 
 
 		 1095 aa  648    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  39.45 
 
 		 1084 aa  654    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  60.83 
 
 		 1073 aa  676    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  54.75 
 
 		 1124 aa  645    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  64.22 
 
 		 1059 aa  876    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  70.85 
 
 		 1068 aa  856    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  63.29 
 
 		 1057 aa  703    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  70.61 
 
 		 879 aa  870    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  71.69 
 
 		 1059 aa  857    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  66.81 
 
 		 1092 aa  900    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  77.91 
 
 		 1029 aa  942    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  55.73 
 
 		 1098 aa  648    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  64.74 
 
 		 1097 aa  872    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  57.17 
 
 		 938 aa  651    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  56.06 
 
 		 1067 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  57.88 
 
 		 1061 aa  633  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  57.88 
 
 		 1061 aa  634  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  55.21 
 
 		 1061 aa  634  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  57.88 
 
 		 1061 aa  634  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  55.21 
 
 		 1061 aa  634  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>