More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2439 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  100 
 
 		 499 aa  1021    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  49.18 
 
 		 926 aa  473  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  47.97 
 
 		 792 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  46.97 
 
 		 808 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  48.64 
 
 		 1012 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2546  ribonuclease E  46.94 
 
 		 806 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000147077  hitchhiker  1.1855699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  48.64 
 
 		 1139 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  49.06 
 
 		 1090 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  49.06 
 
 		 1091 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  49.04 
 
 		 1128 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  48.83 
 
 		 1120 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  48.64 
 
 		 1082 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  47.8 
 
 		 1071 aa  448  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  49.27 
 
 		 1072 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  49.36 
 
 		 1057 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  49.36 
 
 		 1073 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  48.6 
 
 		 1056 aa  442  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  49.06 
 
 		 1086 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  45.59 
 
 		 741 aa  443  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  45.9 
 
 		 919 aa  443  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  47.63 
 
 		 1073 aa  442  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  46.96 
 
 		 938 aa  438  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  44.49 
 
 		 866 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  45.02 
 
 		 1175 aa  436  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  48.7 
 
 		 1016 aa  435  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1831  ribonuclease  48.62 
 
 		 495 aa  437  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0301322 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  47.11 
 
 		 1088 aa  434  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  47.88 
 
 		 938 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  48.49 
 
 		 764 aa  431  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  46.75 
 
 		 1238 aa  431  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0700  ribonuclease, Rne/Rng family  45.59 
 
 		 903 aa  429  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000181353  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  47.69 
 
 		 1070 aa  430  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  46.9 
 
 		 1093 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  46.69 
 
 		 1095 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  46.9 
 
 		 1098 aa  431  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  47.02 
 
 		 1065 aa  427  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  46.25 
 
 		 1141 aa  425  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  46.75 
 
 		 1091 aa  427  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  48.92 
 
 		 1131 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  46.71 
 
 		 968 aa  426  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  46.33 
 
 		 1132 aa  426  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  46.28 
 
 		 1144 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  46.64 
 
 		 1015 aa  423  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  46.33 
 
 		 1132 aa  424  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  46.07 
 
 		 1128 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  47.74 
 
 		 1216 aa  422  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  46.28 
 
 		 1154 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  45.98 
 
 		 752 aa  424  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  47.74 
 
 		 1216 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  46.07 
 
 		 1102 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  46.28 
 
 		 1158 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  45.8 
 
 		 1142 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  48.74 
 
 		 942 aa  424  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  47.52 
 
 		 928 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  46.28 
 
 		 1148 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  47.74 
 
 		 1216 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  45.59 
 
 		 1084 aa  422  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1067 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  46.84 
 
 		 782 aa  418  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1057 aa  419  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1067 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1068 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  46.01 
 
 		 1128 aa  421  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1067 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1068 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  46.01 
 
 		 1201 aa  421  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  47.31 
 
 		 1060 aa  420  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  46.09 
 
 		 1037 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  47.42 
 
 		 1061 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  45.68 
 
 		 879 aa  421  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  46.19 
 
 		 1124 aa  421  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  47.74 
 
 		 1122 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  46.84 
 
 		 782 aa  418  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  46.23 
 
 		 1014 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  44.72 
 
 		 1004 aa  418  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  45.08 
 
 		 1092 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  47.1 
 
 		 1048 aa  415  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  46.03 
 
 		 1042 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  45.77 
 
 		 1011 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  46.27 
 
 		 1029 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  46.32 
 
 		 688 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  44.15 
 
 		 889 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  46.88 
 
 		 1058 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  45.68 
 
 		 1008 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  44.14 
 
 		 904 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  46.27 
 
 		 1025 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  46.54 
 
 		 1035 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0282  ribonuclease  45.51 
 
 		 1449 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.936888  normal  0.231698 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  45.27 
 
 		 865 aa  415  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  45.36 
 
 		 1038 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2816  ribonuclease E  46.67 
 
 		 1121 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00267025  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  46.64 
 
 		 1024 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  46.67 
 
 		 1113 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>