More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3349 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0537  ribonuclease E  65.76 
 
 		 486 aa  645    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.155114  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0457  ribonuclease, Rne/Rng family  67.7 
 
 		 489 aa  699    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3349  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 490 aa  1009    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2376  ribonuclease, Rne/Rng family  62.22 
 
 		 491 aa  632  1e-180  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0321  ribonuclease  63.02 
 
 		 489 aa  625  1e-178  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.691253  normal  0.292271 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0791  ribonuclease, Rne/Rng family  58.96 
 
 		 1076 aa  608  1e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127773  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  45.24 
 
 		 926 aa  423  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1831  ribonuclease  45.8 
 
 		 495 aa  420  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0301322 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  43.63 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  42.47 
 
 		 808 aa  391  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  43.52 
 
 		 792 aa  389  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2546  ribonuclease E  42.68 
 
 		 806 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000147077  hitchhiker  1.1855699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  41.41 
 
 		 866 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  41.3 
 
 		 782 aa  376  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  41.3 
 
 		 782 aa  376  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  41.19 
 
 		 741 aa  372  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  41.68 
 
 		 919 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0700  ribonuclease, Rne/Rng family  41.9 
 
 		 903 aa  365  1e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000181353  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  40.41 
 
 		 1016 aa  363  4e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1590  ribonuclease E  41.41 
 
 		 720 aa  363  5.0000000000000005e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000584784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0595  ribonuclease  41.41 
 
 		 718 aa  361  2e-98  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000095022  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  41.53 
 
 		 928 aa  359  7e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  40.5 
 
 		 1073 aa  356  3.9999999999999996e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  43.01 
 
 		 1216 aa  354  2e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  43.01 
 
 		 1216 aa  354  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  43.01 
 
 		 1216 aa  353  2.9999999999999997e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  41.74 
 
 		 1012 aa  353  5e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  41.74 
 
 		 1139 aa  352  8e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  39.88 
 
 		 1011 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  39.05 
 
 		 904 aa  351  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  39.88 
 
 		 1037 aa  351  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  42.8 
 
 		 1060 aa  350  4e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  41.32 
 
 		 1035 aa  350  4e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  39.75 
 
 		 752 aa  350  4e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  39.88 
 
 		 1014 aa  350  5e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  42.12 
 
 		 1122 aa  349  5e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  39.96 
 
 		 1061 aa  349  5e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  40.5 
 
 		 1015 aa  349  7e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  39.67 
 
 		 1008 aa  349  7e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  43.01 
 
 		 1058 aa  349  7e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  39.92 
 
 		 1096 aa  349  8e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  39.67 
 
 		 1042 aa  348  9e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  39.05 
 
 		 879 aa  348  1e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  41.7 
 
 		 1024 aa  348  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  39.92 
 
 		 1097 aa  348  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  41.08 
 
 		 688 aa  348  1e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  39.62 
 
 		 938 aa  348  2e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  40.91 
 
 		 1073 aa  348  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  39.73 
 
 		 905 aa  347  2e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  39.71 
 
 		 1059 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  40.91 
 
 		 1057 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  39.71 
 
 		 1059 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  42.2 
 
 		 1113 aa  347  3e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  39.71 
 
 		 1056 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  40.91 
 
 		 1082 aa  347  4e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  40.29 
 
 		 1072 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  39.71 
 
 		 1092 aa  346  5e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  39.51 
 
 		 1068 aa  346  7e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  40.08 
 
 		 1090 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  40.08 
 
 		 1091 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  40.08 
 
 		 1086 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  40.5 
 
 		 1128 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  39.51 
 
 		 1059 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  40.7 
 
 		 1120 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  39.54 
 
 		 764 aa  345  1e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  39.51 
 
 		 1053 aa  345  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  40.46 
 
 		 1175 aa  345  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  38.64 
 
 		 865 aa  344  2e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  39.51 
 
 		 1111 aa  344  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  39.22 
 
 		 1038 aa  344  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  39.33 
 
 		 1238 aa  344  2e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  39.05 
 
 		 1074 aa  343  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  39.51 
 
 		 968 aa  344  2.9999999999999997e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  39.46 
 
 		 873 aa  343  5e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  38.73 
 
 		 1091 aa  343  5e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  38.7 
 
 		 1132 aa  343  5e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2816  ribonuclease E  42.38 
 
 		 1121 aa  343  5e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00267025  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  39.3 
 
 		 1090 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  39.3 
 
 		 1087 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  39.3 
 
 		 1087 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  39.59 
 
 		 1025 aa  342  7e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  39.3 
 
 		 1090 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  39.3 
 
 		 1088 aa  342  9e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  39.3 
 
 		 1088 aa  342  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  39.46 
 
 		 1068 aa  341  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  39.59 
 
 		 1029 aa  342  1e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1057 aa  340  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  39.46 
 
 		 1085 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  38.7 
 
 		 1132 aa  341  2e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1061 aa  341  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  41.39 
 
 		 1061 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  41.39 
 
 		 1061 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1067 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1061 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1068 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  40.46 
 
 		 1056 aa  340  2.9999999999999998e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1061 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1061 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  41.39 
 
 		 1061 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  41.39 
 
 		 1068 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>