More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1218 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_1618  ribonuclease, Rne/Rng family  75.65 
 
 		 944 aa  722    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127332  normal  0.810349 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  72.45 
 
 		 1427 aa  964    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2634  ribonuclease  66.99 
 
 		 1016 aa  661    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0104153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  72.78 
 
 		 952 aa  728    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1587  ribonuclease, Rne/Rng family  76.79 
 
 		 1048 aa  733    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0101858  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  69.5 
 
 		 1244 aa  653    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  75.88 
 
 		 1334 aa  771    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  75.47 
 
 		 908 aa  727    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  74.49 
 
 		 1093 aa  753    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  73.52 
 
 		 974 aa  738    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  67.52 
 
 		 1080 aa  676    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  71.43 
 
 		 959 aa  644    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  69.29 
 
 		 1091 aa  669    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  76.26 
 
 		 922 aa  728    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  70.62 
 
 		 1151 aa  698    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  100 
 
 		 1194 aa  2303    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  67.84 
 
 		 1058 aa  714    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2058  ribonuclease, Rne/Rng family  67.19 
 
 		 1123 aa  666    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  75.63 
 
 		 990 aa  736    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  67.58 
 
 		 991 aa  661    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  69.23 
 
 		 1024 aa  712    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  70.74 
 
 		 1117 aa  728    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  71.49 
 
 		 1265 aa  745    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  72.26 
 
 		 717 aa  686    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3556  ribonuclease  67.58 
 
 		 987 aa  662    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0805889  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  76.89 
 
 		 1007 aa  738    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  70.99 
 
 		 1113 aa  704    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  76.79 
 
 		 1041 aa  738    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  76.16 
 
 		 702 aa  704    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  72.06 
 
 		 1070 aa  697    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  74.15 
 
 		 1043 aa  715    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  67.58 
 
 		 991 aa  661    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  75.43 
 
 		 1018 aa  702    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  67.8 
 
 		 961 aa  658    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  70.85 
 
 		 1040 aa  719    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  65.82 
 
 		 953 aa  626  1e-178  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  55.51 
 
 		 1093 aa  587  1e-166  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  60.72 
 
 		 1022 aa  580  1e-164  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  50.61 
 
 		 457 aa  409  1.0000000000000001e-112  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  45.52 
 
 		 559 aa  350  1e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  45.43 
 
 		 564 aa  348  3e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  43.95 
 
 		 492 aa  337  1e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  43.75 
 
 		 562 aa  333  1e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  43.91 
 
 		 636 aa  330  1.0000000000000001e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  43.71 
 
 		 543 aa  328  4.0000000000000003e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  43.9 
 
 		 503 aa  327  7e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  41.79 
 
 		 494 aa  325  2e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  43.74 
 
 		 411 aa  326  2e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  43.69 
 
 		 531 aa  324  8e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  44.39 
 
 		 496 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  40.82 
 
 		 530 aa  321  6e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  42.59 
 
 		 503 aa  320  1e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  44.15 
 
 		 496 aa  320  1e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0791  ribonuclease, Rne/Rng family  39.05 
 
 		 1076 aa  315  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127773  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  44.74 
 
 		 571 aa  313  1e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  43 
 
 		 483 aa  312  2e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3192  ribonuclease G  42.89 
 
 		 500 aa  312  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000845474  hitchhiker  1.74098e-16 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1614  ribonuclease E and G  40.9 
 
 		 476 aa  310  1.0000000000000001e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0133634  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  42.82 
 
 		 497 aa  308  6e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  39.42 
 
 		 1175 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  40.39 
 
 		 496 aa  305  3.0000000000000004e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  40.39 
 
 		 496 aa  305  3.0000000000000004e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  42.93 
 
 		 497 aa  305  3.0000000000000004e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  42.93 
 
 		 497 aa  304  7.000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  37.35 
 
 		 926 aa  303  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  40.29 
 
 		 1071 aa  302  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0098  ribonuclease  39.59 
 
 		 517 aa  301  5e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0731  ribonuclease, Rne/Rng family  50 
 
 		 860 aa  301  7e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.767786  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2236  ribonuclease G  44.64 
 
 		 487 aa  300  9e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  42.89 
 
 		 489 aa  300  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  39.95 
 
 		 1128 aa  299  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  40.92 
 
 		 1015 aa  300  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1506  ribonuclease  42.17 
 
 		 490 aa  298  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0696  ribonuclease G  50.15 
 
 		 868 aa  298  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0732  ribonuclease, Rne/Rng family  50 
 
 		 844 aa  298  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2121  ribonuclease  44.72 
 
 		 474 aa  299  3e-79  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000296404  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  40.92 
 
 		 491 aa  298  4e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  37.56 
 
 		 1238 aa  298  4e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  38.65 
 
 		 1073 aa  298  4e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1467  ribonuclease  46.3 
 
 		 1031 aa  298  5e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00760754  normal  0.972482 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  41.4 
 
 		 1035 aa  298  6e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  39.49 
 
 		 1120 aa  298  6e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  39.76 
 
 		 1057 aa  298  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  39.72 
 
 		 1012 aa  297  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  39.72 
 
 		 1082 aa  297  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  38.63 
 
 		 1132 aa  297  9e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  40.2 
 
 		 1131 aa  296  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0738  ribonuclease  49.24 
 
 		 740 aa  297  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  38.5 
 
 		 1142 aa  296  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  38.93 
 
 		 938 aa  296  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  39.56 
 
 		 782 aa  296  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  39.56 
 
 		 782 aa  296  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2657  ribonuclease E and G  44.8 
 
 		 490 aa  296  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121341  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  38.63 
 
 		 1132 aa  296  2e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1719  ribonuclease, Rne/Rng family  39.9 
 
 		 495 aa  296  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  39.23 
 
 		 1084 aa  295  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1914  ribonuclease G  39.9 
 
 		 495 aa  295  3e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.105978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0469  ribonuclease, Rne/Rng family  42.25 
 
 		 503 aa  295  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.108374  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1200  ribonuclease, Rne/Rng family  43.75 
 
 		 496 aa  295  4e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  39.76 
 
 		 1073 aa  294  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>