More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1140 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  100 
 
 
252 aa  506  9.999999999999999e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.78 
 
 
279 aa  179  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.57 
 
 
274 aa  170  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.26 
 
 
274 aa  168  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.69 
 
 
267 aa  168  7e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.38 
 
 
295 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  43.46 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  43.32 
 
 
267 aa  165  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  38.61 
 
 
278 aa  165  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
278 aa  164  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.69 
 
 
277 aa  155  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
276 aa  155  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.66 
 
 
273 aa  155  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.25 
 
 
273 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.6 
 
 
272 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
277 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.37 
 
 
278 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.6 
 
 
278 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.47 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.37 
 
 
278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.6 
 
 
278 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.26 
 
 
261 aa  152  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 
282 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.84 
 
 
280 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.52 
 
 
278 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.37 
 
 
277 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.83 
 
 
273 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  37.11 
 
 
280 aa  148  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  38.22 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.59 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  38.43 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.74 
 
 
279 aa  146  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.46 
 
 
274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.29 
 
 
281 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.29 
 
 
281 aa  145  5e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  36.43 
 
 
275 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
271 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  40.41 
 
 
273 aa  144  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
275 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.24 
 
 
272 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.63 
 
 
268 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
268 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.25 
 
 
274 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.45 
 
 
269 aa  139  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 
268 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.86 
 
 
276 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.63 
 
 
268 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 
269 aa  137  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.34 
 
 
265 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.76 
 
 
278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  34.36 
 
 
244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.47 
 
 
276 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.64 
 
 
266 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.72 
 
 
277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.5 
 
 
278 aa  126  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.08 
 
 
277 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  37.45 
 
 
311 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  39.48 
 
 
270 aa  122  6e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
560 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.45 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.07 
 
 
275 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.25 
 
 
247 aa  112  8.000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 
252 aa  111  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
290 aa  106  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.34 
 
 
299 aa  105  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
249 aa  103  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.78 
 
 
256 aa  99.8  4e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.2 
 
 
298 aa  99  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
278 aa  96.3  5e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
256 aa  95.5  7e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
255 aa  89.7  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.4 
 
 
257 aa  85.5  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
283 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.32 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.56 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.5 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.15 
 
 
312 aa  77.8  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.87 
 
 
298 aa  77.8  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.22 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
249 aa  76.6  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
304 aa  75.1  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  44.64 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
310 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.28 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
346 aa  73.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.42 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
303 aa  72.4  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.41 
 
 
310 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  38.18 
 
 
329 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.07 
 
 
332 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.03 
 
 
341 aa  72  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
283 aa  71.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>