More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1117 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
332 aa  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.45 
 
 
330 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  72.48 
 
 
330 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  73.09 
 
 
329 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  72.48 
 
 
329 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.54 
 
 
330 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.78 
 
 
331 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.23 
 
 
330 aa  487  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.23 
 
 
331 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  71.95 
 
 
306 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.69 
 
 
328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  37.39 
 
 
328 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  37.39 
 
 
328 aa  231  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  37.08 
 
 
328 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  37.08 
 
 
328 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  37.08 
 
 
328 aa  230  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.89 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.51 
 
 
330 aa  206  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.52 
 
 
331 aa  206  5e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.38 
 
 
330 aa  204  1e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  37.42 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.79 
 
 
331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.73 
 
 
350 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.17 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.09 
 
 
337 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.84 
 
 
330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.05 
 
 
349 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
333 aa  178  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.54 
 
 
332 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.54 
 
 
332 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.55 
 
 
330 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.83 
 
 
338 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.21 
 
 
338 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2505  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.21 
 
 
338 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000697027 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2107  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.21 
 
 
338 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.937319  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.8 
 
 
339 aa  170  4e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.82 
 
 
342 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  34.58 
 
 
351 aa  166  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.29 
 
 
376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002734  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106036  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
342 aa  162  7e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.97 
 
 
357 aa  162  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2464  NAD dependent epimerase/dehydratase family  32.73 
 
 
349 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.954565  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  32.93 
 
 
387 aa  159  5e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00873  predicted NAD(P)H-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  32.42 
 
 
337 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0332928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
349 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0896  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.42 
 
 
349 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00879  hypothetical protein  32.42 
 
 
337 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0435323  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
349 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1028  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.42 
 
 
349 aa  158  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.779011 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0972  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.42 
 
 
349 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0940  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.42 
 
 
349 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
312 aa  157  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.83 
 
 
394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.22 
 
 
375 aa  155  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1660  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
336 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.375362  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.63 
 
 
400 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.12 
 
 
380 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0932  NAD dependent epimerase/dehydratase family  31.53 
 
 
337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1049  NAD dependent epimerase/dehydratase family  31.53 
 
 
337 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0999  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.53 
 
 
337 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
349 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  30.54 
 
 
365 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0967  NAD dependent epimerase/dehydratase family  31.23 
 
 
337 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1030  NAD dependent epimerase/dehydratase family  31.23 
 
 
337 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.61 
 
 
375 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1586  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.1 
 
 
335 aa  149  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2622  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.1 
 
 
335 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.1 
 
 
335 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319436  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.65 
 
 
330 aa  149  8e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  35.95 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.61 
 
 
373 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.62 
 
 
361 aa  142  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.67 
 
 
375 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2213  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 
320 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.84 
 
 
320 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2502  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.84 
 
 
320 aa  139  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211535 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
310 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.99 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.22 
 
 
399 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.99 
 
 
402 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.84 
 
 
338 aa  132  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.22 
 
 
399 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
352 aa  129  5.0000000000000004e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
325 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 
324 aa  126  6e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
323 aa  125  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
318 aa  125  9e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17440  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.77 
 
 
330 aa  125  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147754  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.94 
 
 
329 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07140  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.47 
 
 
329 aa  123  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184907  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.37 
 
 
351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9273  putative oxidoreductase  34.6 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
334 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.12 
 
 
340 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
333 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32 
 
 
364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.85 
 
 
357 aa  116  3.9999999999999997e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>