More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1372 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  100 
 
 
376 aa  776    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  70.41 
 
 
349 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  68.73 
 
 
365 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  67.63 
 
 
387 aa  475  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  64.2 
 
 
361 aa  474  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  67.34 
 
 
375 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  67.34 
 
 
394 aa  473  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  66.76 
 
 
375 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  63.37 
 
 
375 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  61.17 
 
 
399 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  62.47 
 
 
380 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  60.86 
 
 
400 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  60.66 
 
 
399 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  60.45 
 
 
402 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  63.9 
 
 
357 aa  461  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  60.71 
 
 
402 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  61.52 
 
 
373 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  60.84 
 
 
351 aa  423  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.31 
 
 
330 aa  364  1e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  54.27 
 
 
331 aa  361  1e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.69 
 
 
330 aa  360  2e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.37 
 
 
330 aa  347  2e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.61 
 
 
337 aa  342  8e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  49.54 
 
 
339 aa  340  2e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.92 
 
 
331 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.77 
 
 
330 aa  317  3e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  47.06 
 
 
332 aa  294  1e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.75 
 
 
332 aa  293  2e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  48.32 
 
 
336 aa  281  9e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.32 
 
 
350 aa  271  1e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.81 
 
 
329 aa  242  7.999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.23 
 
 
329 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
326 aa  199  7.999999999999999e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 
344 aa  186  7e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.07 
 
 
324 aa  183  5.0000000000000004e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.33 
 
 
357 aa  181  2e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.65 
 
 
366 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17440  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.2 
 
 
330 aa  180  4e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147754  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.76 
 
 
325 aa  179  4.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
328 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.54 
 
 
328 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.54 
 
 
328 aa  178  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.41 
 
 
328 aa  178  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.54 
 
 
328 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.41 
 
 
328 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07140  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.23 
 
 
329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184907  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.21 
 
 
340 aa  173  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.56 
 
 
375 aa  173  5e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  31.79 
 
 
326 aa  169  6e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
318 aa  169  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
330 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.16 
 
 
371 aa  167  4e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.16 
 
 
371 aa  167  4e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.16 
 
 
371 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.123025 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11128  cholesterol dehydrogenase  31.69 
 
 
370 aa  166  9e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
333 aa  160  3e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.43 
 
 
338 aa  160  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  29.75 
 
 
329 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  29.45 
 
 
329 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  29.41 
 
 
330 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
351 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.12 
 
 
364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
310 aa  148  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  30.36 
 
 
306 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87094  predicted protein  30.03 
 
 
355 aa  145  1e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.06869  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
342 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002734  UDP-glucose 4-epimerase  29.23 
 
 
328 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106036  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2213  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
320 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29 
 
 
333 aa  139  8.999999999999999e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.02 
 
 
342 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71224  Sterol-4-alpha-carboxylate 3-dehydrogenase, decarboxylating  30.68 
 
 
349 aa  139  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.12365 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2502  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.29 
 
 
320 aa  138  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211535 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.29 
 
 
320 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
331 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
330 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
330 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48864  reductase with NAD or NADP as acceptor  29.34 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.58602  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
334 aa  132  7.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2107  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.36 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.937319  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2505  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.36 
 
 
338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000697027 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.49 
 
 
338 aa  126  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
352 aa  126  8.000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1586  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.03 
 
 
335 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0028  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.25 
 
 
330 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2622  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.03 
 
 
335 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
335 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319436  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
330 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  32.22 
 
 
680 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
349 aa  116  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0932  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.52 
 
 
337 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.13 
 
 
324 aa  113  7.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1660  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.375362  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0967  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.52 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1030  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.52 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>