More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4482 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
330 aa  684    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  82.26 
 
 
330 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  83.83 
 
 
306 aa  545  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  81.16 
 
 
331 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  76.45 
 
 
332 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  81.85 
 
 
330 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  81.23 
 
 
330 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  81.23 
 
 
331 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  72.34 
 
 
329 aa  501  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  71.73 
 
 
329 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
328 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.89 
 
 
328 aa  226  4e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.89 
 
 
328 aa  226  4e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.59 
 
 
328 aa  225  8e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.59 
 
 
328 aa  225  8e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.59 
 
 
328 aa  225  9e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.43 
 
 
330 aa  206  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.44 
 
 
330 aa  207  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.42 
 
 
330 aa  193  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.57 
 
 
329 aa  191  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  34.97 
 
 
326 aa  189  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 
326 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.06 
 
 
337 aa  186  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.61 
 
 
331 aa  185  8e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.41 
 
 
331 aa  185  8e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.11 
 
 
332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  38.11 
 
 
332 aa  182  7e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.38 
 
 
350 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.82 
 
 
349 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.64 
 
 
330 aa  176  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002734  UDP-glucose 4-epimerase  31.83 
 
 
328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106036  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.97 
 
 
339 aa  169  7e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.41 
 
 
376 aa  169  9e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2107  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.13 
 
 
338 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.937319  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.13 
 
 
338 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2505  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.13 
 
 
338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000697027 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  33.33 
 
 
351 aa  161  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  30.46 
 
 
400 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
342 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.32 
 
 
357 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.14 
 
 
342 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  30.24 
 
 
365 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1660  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
336 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.375362  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
338 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.79 
 
 
387 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  35.95 
 
 
336 aa  152  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.11 
 
 
361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2464  NAD dependent epimerase/dehydratase family  29.7 
 
 
349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.954565  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00873  predicted NAD(P)H-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  29.52 
 
 
337 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0332928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
349 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
349 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1028  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.7 
 
 
349 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.779011 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0972  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.7 
 
 
349 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00879  hypothetical protein  29.52 
 
 
337 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0435323  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0940  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.7 
 
 
349 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.41 
 
 
330 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0896  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.7 
 
 
349 aa  146  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
344 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0932  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30.42 
 
 
337 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.45 
 
 
373 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.13 
 
 
320 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2502  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.13 
 
 
320 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211535 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1049  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30.12 
 
 
337 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2213  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
320 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0999  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.82 
 
 
337 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1030  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30.12 
 
 
337 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0967  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30.12 
 
 
337 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.96 
 
 
375 aa  143  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.96 
 
 
394 aa  142  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
335 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319436  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2622  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.39 
 
 
335 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1586  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.39 
 
 
335 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.57 
 
 
380 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.96 
 
 
375 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
349 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 
310 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
325 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.23 
 
 
375 aa  129  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
323 aa  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.06 
 
 
329 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.19 
 
 
364 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9273  putative oxidoreductase  34.49 
 
 
306 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.07 
 
 
402 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17440  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.82 
 
 
330 aa  125  8.000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147754  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
333 aa  125  9e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.3 
 
 
399 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.02 
 
 
399 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.8 
 
 
402 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07140  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.51 
 
 
329 aa  122  7e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184907  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.36 
 
 
357 aa  119  4.9999999999999996e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.59 
 
 
366 aa  119  7e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.4 
 
 
338 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.13 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48864  reductase with NAD or NADP as acceptor  31.84 
 
 
395 aa  113  5e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.58602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>