More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2213 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_2213  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
320 aa  656    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  99.06 
 
 
320 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2502  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  98.75 
 
 
320 aa  647    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211535 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
328 aa  153  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.35 
 
 
328 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.35 
 
 
328 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.35 
 
 
328 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.66 
 
 
328 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.66 
 
 
328 aa  149  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
330 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.14 
 
 
333 aa  143  4e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.84 
 
 
332 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.29 
 
 
376 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  28.62 
 
 
326 aa  139  6e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.94 
 
 
330 aa  136  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  31.82 
 
 
329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  32.83 
 
 
329 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002734  UDP-glucose 4-epimerase  28.05 
 
 
328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106036  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.1 
 
 
357 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  31.82 
 
 
330 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
326 aa  122  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.79 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.66 
 
 
330 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  30.56 
 
 
351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.72 
 
 
330 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.67 
 
 
330 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  30.3 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  30.94 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.09 
 
 
361 aa  116  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.75 
 
 
349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.47 
 
 
375 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.48 
 
 
394 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
330 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1660  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
336 aa  112  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.375362  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.96 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.15 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.89 
 
 
342 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.95 
 
 
380 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
342 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.57 
 
 
373 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.52 
 
 
337 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.2 
 
 
331 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  28.62 
 
 
365 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.17 
 
 
339 aa  103  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.26 
 
 
331 aa  102  9e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2622  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.41 
 
 
335 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
310 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.41 
 
 
335 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319436  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1586  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.41 
 
 
335 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2505  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.71 
 
 
338 aa  100  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000697027 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2107  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.41 
 
 
338 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.937319  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.41 
 
 
338 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9273  putative oxidoreductase  32.01 
 
 
306 aa  99  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.92 
 
 
329 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2464  NAD dependent epimerase/dehydratase family  25.22 
 
 
349 aa  96.7  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.954565  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0896  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.22 
 
 
349 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.25 
 
 
338 aa  96.3  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.3 
 
 
350 aa  96.3  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00873  predicted NAD(P)H-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  25.22 
 
 
337 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0332928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.22 
 
 
349 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.101296  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1028  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.22 
 
 
349 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.779011 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.22 
 
 
349 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00879  hypothetical protein  25.22 
 
 
337 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0435323  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0972  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.22 
 
 
349 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0940  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.22 
 
 
349 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  30.42 
 
 
336 aa  93.6  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.35 
 
 
399 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.94 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  30.94 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.84 
 
 
402 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.94 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
334 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.84 
 
 
402 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.94 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.94 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.07 
 
 
399 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.58 
 
 
321 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0932  NAD dependent epimerase/dehydratase family  24.85 
 
 
337 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.58 
 
 
321 aa  89.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
318 aa  89.4  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1049  NAD dependent epimerase/dehydratase family  24.85 
 
 
337 aa  89  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0967  NAD dependent epimerase/dehydratase family  24.85 
 
 
337 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1030  NAD dependent epimerase/dehydratase family  24.85 
 
 
337 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0999  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.85 
 
 
337 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.22 
 
 
329 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
333 aa  88.2  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.78 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.27 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2950  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
303 aa  86.3  7e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
349 aa  85.1  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  28 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.12 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
325 aa  76.3  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_002950  PG1504  NAD dependent protein  25.37 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00132125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>