More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1513 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  100 
 
 
365 aa  753    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  75.86 
 
 
361 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  68.42 
 
 
380 aa  518  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  72.41 
 
 
349 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  69.38 
 
 
373 aa  510  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  68.73 
 
 
376 aa  489  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  67.63 
 
 
387 aa  485  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  67.34 
 
 
375 aa  484  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  67.34 
 
 
375 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  63.89 
 
 
400 aa  479  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  66.47 
 
 
394 aa  478  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  64.46 
 
 
375 aa  475  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  59.54 
 
 
399 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  63.53 
 
 
357 aa  473  1e-132  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  58.84 
 
 
402 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  58.78 
 
 
399 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  58.84 
 
 
402 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  63.58 
 
 
351 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.07 
 
 
330 aa  354  1e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  53.68 
 
 
331 aa  348  1e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.76 
 
 
330 aa  348  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.33 
 
 
339 aa  332  9e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.76 
 
 
330 aa  324  1e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.76 
 
 
331 aa  323  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.64 
 
 
337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  48.46 
 
 
330 aa  303  4.0000000000000003e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  45.99 
 
 
332 aa  277  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  45.99 
 
 
332 aa  276  4e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  47.22 
 
 
336 aa  258  9e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.03 
 
 
350 aa  246  4e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.8 
 
 
329 aa  232  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.46 
 
 
329 aa  230  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.48 
 
 
344 aa  205  1e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  38.27 
 
 
330 aa  196  5.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
326 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
324 aa  188  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.12 
 
 
366 aa  187  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.93 
 
 
357 aa  184  3e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17440  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.45 
 
 
330 aa  181  2e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147754  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07140  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.35 
 
 
329 aa  180  4e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184907  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
325 aa  178  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.13 
 
 
375 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
323 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29 
 
 
328 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29 
 
 
328 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.18 
 
 
328 aa  169  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.18 
 
 
328 aa  169  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
328 aa  169  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.18 
 
 
328 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11128  cholesterol dehydrogenase  32.17 
 
 
370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  31.38 
 
 
326 aa  166  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.34 
 
 
371 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.123025 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.34 
 
 
371 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.34 
 
 
371 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
318 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.5 
 
 
340 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
330 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.86 
 
 
338 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  30.63 
 
 
329 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  30.63 
 
 
329 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
332 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.23 
 
 
364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  30.91 
 
 
330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
333 aa  144  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87094  predicted protein  30.59 
 
 
355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.06869  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  31.74 
 
 
306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71224  Sterol-4-alpha-carboxylate 3-dehydrogenase, decarboxylating  31.25 
 
 
349 aa  140  4.999999999999999e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.12365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
331 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.46 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.83 
 
 
331 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
330 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
333 aa  136  7.000000000000001e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
330 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48864  reductase with NAD or NADP as acceptor  27.51 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.58602  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002734  UDP-glucose 4-epimerase  29.19 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106036  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
342 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2107  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.24 
 
 
338 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.937319  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
338 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2505  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.24 
 
 
338 aa  123  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000697027 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0028  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.47 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.05 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
338 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
312 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0266  hypothetical protein  24.77 
 
 
329 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.33 
 
 
335 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.319436  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2622  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.33 
 
 
335 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1586  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.33 
 
 
335 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  28.04 
 
 
340 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1660  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
336 aa  107  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.375362  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.66 
 
 
358 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2213  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
320 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07575  C-3 sterol dehydrogenase/C-4 decarboxylase (AFU_orthologue; AFUA_2G15030)  25.69 
 
 
410 aa  105  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.8189 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.3 
 
 
320 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2502  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.3 
 
 
320 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211535 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  30.12 
 
 
329 aa  102  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  30.12 
 
 
329 aa  102  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
328 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>