More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1506 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  100 
 
 
364 aa  734    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0028  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.61 
 
 
330 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.78 
 
 
318 aa  206  5e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.71 
 
 
329 aa  196  7e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.25 
 
 
330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.67 
 
 
330 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.67 
 
 
330 aa  170  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.71 
 
 
330 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.73 
 
 
350 aa  164  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.48 
 
 
349 aa  161  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30 
 
 
357 aa  161  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.52 
 
 
380 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  33.23 
 
 
365 aa  159  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.44 
 
 
376 aa  159  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
351 aa  158  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.85 
 
 
329 aa  157  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11128  cholesterol dehydrogenase  37.2 
 
 
370 aa  155  8e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  31.68 
 
 
387 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.4 
 
 
375 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.07 
 
 
339 aa  153  4e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.5 
 
 
375 aa  153  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.59 
 
 
366 aa  153  5e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.89 
 
 
361 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  33.33 
 
 
351 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.96 
 
 
330 aa  150  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.19 
 
 
371 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.19 
 
 
371 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.8 
 
 
371 aa  150  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.123025 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.39 
 
 
337 aa  149  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.78 
 
 
375 aa  149  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.09 
 
 
394 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.8 
 
 
332 aa  145  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.48 
 
 
332 aa  145  1e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.89 
 
 
331 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.77 
 
 
331 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.94 
 
 
375 aa  144  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.97 
 
 
340 aa  140  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.7 
 
 
400 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.6 
 
 
373 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
330 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.42 
 
 
328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.42 
 
 
328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  30.55 
 
 
329 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.42 
 
 
328 aa  134  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  31.41 
 
 
329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.46 
 
 
402 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.42 
 
 
328 aa  133  5e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.22 
 
 
399 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.99 
 
 
402 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.69 
 
 
399 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.22 
 
 
330 aa  133  6e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
334 aa  132  6.999999999999999e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  34.82 
 
 
333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.1 
 
 
328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  29.71 
 
 
326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.6 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
332 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
333 aa  127  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
326 aa  126  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  32.8 
 
 
336 aa  126  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
336 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  29.68 
 
 
330 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
319 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  29.22 
 
 
329 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  29.22 
 
 
329 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
330 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0932  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30.31 
 
 
337 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  31.87 
 
 
340 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  31.09 
 
 
363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1049  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30 
 
 
337 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
330 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0967  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30 
 
 
337 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0999  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30 
 
 
337 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1030  NAD dependent epimerase/dehydratase family  30 
 
 
337 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0972  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.69 
 
 
349 aa  113  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1028  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.69 
 
 
349 aa  113  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.779011 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
349 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.6 
 
 
349 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0940  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.6 
 
 
349 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0896  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.69 
 
 
349 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00873  predicted NAD(P)H-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  29.69 
 
 
337 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0332928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00879  hypothetical protein  29.69 
 
 
337 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0435323  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  33.33 
 
 
329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  33.33 
 
 
329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2464  NAD dependent epimerase/dehydratase family  28.48 
 
 
349 aa  110  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.954565  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.86 
 
 
357 aa  110  3e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.86 
 
 
339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.85 
 
 
328 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
334 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
339 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0228638  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
330 aa  105  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
358 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  28.72 
 
 
306 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>