More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2099 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  100 
 
 
330 aa  669    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  93.03 
 
 
330 aa  629  1e-179  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  79.26 
 
 
331 aa  489  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  72.12 
 
 
337 aa  481  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  71.82 
 
 
331 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  57.67 
 
 
330 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  55.38 
 
 
349 aa  381  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.69 
 
 
376 aa  360  1e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.31 
 
 
339 aa  360  2e-98  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  56 
 
 
330 aa  360  2e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  53.07 
 
 
365 aa  354  1e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.15 
 
 
361 aa  350  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.43 
 
 
380 aa  350  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.41 
 
 
394 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.23 
 
 
357 aa  349  3e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.81 
 
 
375 aa  349  5e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  52.11 
 
 
387 aa  347  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.81 
 
 
375 aa  347  2e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  57.49 
 
 
336 aa  340  2e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.29 
 
 
375 aa  339  5e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  52.13 
 
 
351 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  48.42 
 
 
400 aa  334  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  52.91 
 
 
332 aa  330  2e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.6 
 
 
332 aa  329  4e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.63 
 
 
402 aa  329  4e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  47.01 
 
 
399 aa  329  4e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50 
 
 
373 aa  329  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.9 
 
 
402 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.74 
 
 
399 aa  325  6e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  50.92 
 
 
350 aa  307  2.0000000000000002e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  52.01 
 
 
329 aa  298  8e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.11 
 
 
329 aa  265  7e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.88 
 
 
324 aa  230  2e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.05 
 
 
330 aa  229  4e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.83 
 
 
344 aa  227  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07140  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39.58 
 
 
329 aa  208  9e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184907  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.43 
 
 
330 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.51 
 
 
332 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.51 
 
 
323 aa  206  6e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  39.94 
 
 
357 aa  202  6e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17440  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  40.8 
 
 
330 aa  202  8e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147754  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  33.13 
 
 
328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  33.13 
 
 
328 aa  199  5e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
328 aa  199  6e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  32.82 
 
 
328 aa  199  7e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  32.82 
 
 
328 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  32.82 
 
 
328 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
326 aa  196  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.06 
 
 
366 aa  193  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.53 
 
 
375 aa  192  5e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  36.59 
 
 
330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.11 
 
 
340 aa  190  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  36.79 
 
 
329 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  36.91 
 
 
329 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.74 
 
 
338 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.74 
 
 
371 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.123025 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.74 
 
 
371 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.74 
 
 
371 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  37.59 
 
 
306 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11128  cholesterol dehydrogenase  35.42 
 
 
370 aa  177  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  33.64 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.42 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.11 
 
 
331 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.66 
 
 
318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87094  predicted protein  32.45 
 
 
355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.06869  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48864  reductase with NAD or NADP as acceptor  33.15 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.58602  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.67 
 
 
364 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
333 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71224  Sterol-4-alpha-carboxylate 3-dehydrogenase, decarboxylating  33.53 
 
 
349 aa  156  4e-37  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.12365 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002734  UDP-glucose 4-epimerase  31.9 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106036  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
342 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0028  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.93 
 
 
330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
334 aa  136  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
333 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.21 
 
 
333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.72 
 
 
338 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
351 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
330 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.506257  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
324 aa  126  5e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0058  dihydrokaempferol 4-reductase  35.49 
 
 
333 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  34.98 
 
 
340 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.33 
 
 
358 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2107  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.07 
 
 
338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.937319  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2505  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.07 
 
 
338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000697027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
355 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
328 aa  119  9e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2213  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.37 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2502  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.66 
 
 
320 aa  117  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000211535 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00460  C-3 sterol dehydrogenase (C-4 sterol decarboxylase), putative  36.96 
 
 
448 aa  115  8.999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.257092  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  32.31 
 
 
328 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>