More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2461 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
344 aa  662    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1680  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.41 
 
 
325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0210493  normal  0.642206 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  63.84 
 
 
330 aa  349  4e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07140  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  63.27 
 
 
329 aa  344  1e-93  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184907  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.13 
 
 
323 aa  340  2e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17440  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  58.51 
 
 
330 aa  330  3e-89  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147754  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.68 
 
 
324 aa  318  9e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.365173  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13250  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  55.62 
 
 
357 aa  311  9e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.986779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  45.2 
 
 
330 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0171  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44 
 
 
330 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.27 
 
 
330 aa  253  3e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  45.9 
 
 
331 aa  251  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.77 
 
 
331 aa  251  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2272  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.25 
 
 
337 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.98 
 
 
332 aa  240  2e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  41.98 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1368  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.75 
 
 
349 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1513  steroid dehydrogenase  38.48 
 
 
365 aa  229  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.92 
 
 
357 aa  225  8e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.13 
 
 
339 aa  222  9e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.898557  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.15 
 
 
361 aa  219  6e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  40 
 
 
351 aa  218  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2011  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.31 
 
 
330 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03949  NAD(P)H steroid dehydrogenase  43.77 
 
 
336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2733  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.12 
 
 
380 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.652066  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1745  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  36.89 
 
 
387 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.89 
 
 
376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1448  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.55 
 
 
375 aa  212  9e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2545  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.89 
 
 
375 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2612  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.89 
 
 
375 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2712  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  37.2 
 
 
394 aa  208  9e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1716  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.2 
 
 
373 aa  202  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  34.48 
 
 
400 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.292231  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.88 
 
 
402 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.87 
 
 
399 aa  189  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2608  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.49 
 
 
329 aa  188  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.336008  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1583  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.14 
 
 
399 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2797  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.34 
 
 
402 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.872039  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
332 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0857  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.37 
 
 
350 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.741421  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
330 aa  169  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4932  putative oxidoreductase  35.38 
 
 
329 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56720  putative oxidoreductase  34.77 
 
 
329 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0549  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.97 
 
 
329 aa  160  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  31.69 
 
 
330 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
331 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
330 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
328 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
330 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
333 aa  151  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0280203  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  26.77 
 
 
328 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  26.77 
 
 
328 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
331 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.13 
 
 
328 aa  150  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.13 
 
 
328 aa  149  6e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.13 
 
 
328 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1600  hypothetical protein  29.48 
 
 
326 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4360  dehydrogenase, putative  30.94 
 
 
306 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002734  UDP-glucose 4-epimerase  26.77 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0106036  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2075  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.6 
 
 
366 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0864456  normal  0.131531 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
318 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0220  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.2 
 
 
338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.58 
 
 
351 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.73 
 
 
310 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  32.92 
 
 
680 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.33 
 
 
352 aa  123  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87094  predicted protein  29.17 
 
 
355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.06869  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4635  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.41 
 
 
375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224754  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11128  cholesterol dehydrogenase  29.86 
 
 
370 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4109  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.51 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4185  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.51 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0437586  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4340  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.51 
 
 
371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.123025 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.52 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.391729  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29 
 
 
333 aa  112  8.000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.92 
 
 
334 aa  112  9e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1028  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.08 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.779011 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00873  predicted NAD(P)H-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  27.08 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0332928  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2464  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.79 
 
 
349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.954565  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0972  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.08 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00879  hypothetical protein  27.08 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0435323  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.101296  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0940  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.08 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0896  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.08 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1660  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
336 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.375362  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4699  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.1 
 
 
340 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
349 aa  109  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4422  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
342 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48864  reductase with NAD or NADP as acceptor  25.8 
 
 
395 aa  108  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.58602  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.77 
 
 
364 aa  106  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0028  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.18 
 
 
330 aa  105  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0999  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.08 
 
 
337 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1030  NAD dependent epimerase/dehydratase family  27.38 
 
 
337 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1049  NAD dependent epimerase/dehydratase family  27.38 
 
 
337 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0967  NAD dependent epimerase/dehydratase family  27.38 
 
 
337 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0932  NAD dependent epimerase/dehydratase family  27.38 
 
 
337 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1586  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.08 
 
 
335 aa  105  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>