More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0634 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
346 aa  703    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  32.29 
 
 
324 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
313 aa  110  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.06 
 
 
307 aa  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
324 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.07 
 
 
307 aa  106  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  27.86 
 
 
309 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
307 aa  103  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.72 
 
 
311 aa  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3173  UDP-galactose 4-epimerase, putative  29.47 
 
 
309 aa  102  8e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  30.19 
 
 
306 aa  102  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  32.31 
 
 
330 aa  101  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  32.71 
 
 
323 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  29.81 
 
 
326 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1335  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.22 
 
 
338 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0357756 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.71 
 
 
320 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
315 aa  100  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
317 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.25 
 
 
319 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
321 aa  99  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
318 aa  98.6  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  24.43 
 
 
331 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  24.43 
 
 
331 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
331 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.05 
 
 
321 aa  97.1  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
341 aa  95.9  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  24.76 
 
 
331 aa  95.9  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
322 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 
323 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0067  UDP-glucose 4-epimerase  30.53 
 
 
346 aa  94.7  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  29.23 
 
 
326 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2038  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.5 
 
 
344 aa  94  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 
314 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1439  epimerase/dehydratase, putative  24.52 
 
 
329 aa  92.8  8e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
328 aa  92.8  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.10173 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  26.11 
 
 
318 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
321 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
319 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
330 aa  91.3  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  26.93 
 
 
321 aa  91.3  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 
318 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1920  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
346 aa  90.5  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.892292  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
314 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
315 aa  90.5  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  25.55 
 
 
318 aa  90.1  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  27.22 
 
 
323 aa  90.1  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
308 aa  89.7  6e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
321 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
330 aa  87.8  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
353 aa  87.4  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
322 aa  87.4  3e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 
347 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
332 aa  87  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
506 aa  86.7  5e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  27.44 
 
 
318 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 
336 aa  86.3  7e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
321 aa  86.3  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
293 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.98 
 
 
319 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2249  hypothetical protein  26.92 
 
 
307 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.939616  hitchhiker  0.00832772 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.17 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.17 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.17 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.17 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
305 aa  85.1  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.17 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.55 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.8 
 
 
304 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
296 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
296 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0368  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
347 aa  84  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0497868  normal  0.291666 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  29.7 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
302 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.448502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.19 
 
 
304 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  27.8 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.88 
 
 
309 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
309 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  27.8 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
318 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.24 
 
 
508 aa  82  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
349 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.65 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.94 
 
 
309 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  30.47 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.19 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.3 
 
 
300 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210062  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
310 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
277 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126969 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
285 aa  79  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
294 aa  79  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>