More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3260 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3260  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  614  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00487315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3943  transcriptional regulator, LysR family  53 
 
 		 300 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000214101 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3953  transcriptional regulator, LysR family  52.67 
 
 		 300 aa  338  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4062  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 300 aa  338  7e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4016  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 300 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4123  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 300 aa  336  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1461  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 340 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0296008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  90.9  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 315 aa  89  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 312 aa  85.5  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  28.47 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.32 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  25.48 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  27.97 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  29.54 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  29.96 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  25 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 432 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  27.03 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  25.46 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.03 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 331 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  32.9 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  24.15 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 327 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0579  putative LysR-like regular protein  24.82 
 
 		 309 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  normal  0.164447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  26.61 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  22.74 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  25.88 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  26.27 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  24.8 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  28.4 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  22.62 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  24.2 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  25.64 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4260  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>