More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2347 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 317 aa  653    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 317 aa  209  7e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.92 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 432 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 318 aa  126  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  31.05 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.87 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  31.62 
 
 		 326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  27.69 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  31.1 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  30.24 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 307 aa  110  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.14 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.43 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.53 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  27.91 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 314 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 317 aa  106  6e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  28.82 
 
 		 347 aa  105  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 391 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.89 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  28.75 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  26.22 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 315 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>