More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0639 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  640    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 317 aa  209  7e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.23 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  29.29 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  28.57 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 323 aa  100  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  28.86 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 325 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  29.05 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 306 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  28.72 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 333 aa  96.3  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  27.34 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 306 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  27.43 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  30.15 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.03 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 314 aa  93.6  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  29.37 
 
 		 314 aa  92.8  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  26.15 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  28.66 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 314 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 314 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 298 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 432 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 314 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 342 aa  89.7  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 317 aa  90.1  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 312 aa  89.4  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 331 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  25.74 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 334 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>