More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0916 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  667    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 307 aa  345  5e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 305 aa  328  6e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  58.63 
 
 		 310 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  59.47 
 
 		 307 aa  289  6e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 303 aa  250  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 305 aa  192  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 318 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 313 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.3 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 310 aa  123  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 301 aa  123  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 315 aa  123  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.01 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0503  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379788  hitchhiker  0.000831033 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 317 aa  119  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 308 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 432 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 303 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 325 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  29.97 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  29.93 
 
 		 312 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.23 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 305 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  30.07 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 309 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.25 
 
 		 330 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  32.78 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 323 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  29.26 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  27.95 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>