More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2732 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  618  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 307 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 		 305 aa  356  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  62.79 
 
 		 307 aa  322  6e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  58.44 
 
 		 339 aa  317  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 317 aa  154  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 318 aa  143  3e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.4 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 432 aa  135  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  32.36 
 
 		 347 aa  132  6.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 326 aa  132  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 301 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  28.87 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.55 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 301 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  31.77 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  32.99 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 310 aa  122  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  30.9 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0503  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379788  hitchhiker  0.000831033 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.37 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 353 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 314 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 307 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  33.02 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.13 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  31.42 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  31.06 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>