More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1118 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1118  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2347  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.144865  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0916  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0349962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2732  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3697  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0639  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.322343  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 333 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 302 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  31.39 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 333 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.46 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 394 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.34 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  29.47 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.03 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  31.41 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.57 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 329 aa  116  6e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 331 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 432 aa  112  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 325 aa  112  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 311 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.87 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  26.53 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>